Utilisez BLAS / LAPACK multi-thread avec numpy / scipy

Dans article que j'ai écrit plus tôt, j'ai décrit comment installer python, numpy et scipy à partir des sources sans prendre racine.

Cependant, la méthode ci-dessus présente les problèmes suivants.

• Lent.
• Très lent.
• Extrêmement lent.

La raison en est que BLAS et LAPACK ne sont pas multi-threadés. Je n'ai pas assez d'argent pour acheter Intel MKL, j'ai donc décidé d'utiliser OpenBLAS.

Les deux articles de référence suivants.

• Construire Numpy et Scipy avec OpenBLAS2 (japonais) https://lucidfrontier45.wordpress.com/2012/02/26/building-numpy-and-scipy-with-gotoblas2/
• Numpy / Scipy avec OpenBLAS pour Ubuntu 12.04 (anglais) http://osdf.github.io/blog/numpyscipy-with-openblas-for-ubuntu-1204.html

OpenBLAS

Utilisez SurviveGotoBLAS. Commencez par créer la bibliothèque statique.

# wget http://prs.ism.ac.jp/~nakama/SurviveGotoBLAS2/SurviveGotoBLAS2_3.14.tar.gz
# tar xzf SurviveGotoBLAS2_3.14.tar.gz
# cd survivegotoblas2_3.14
# vim Makefile.rule
TARGET=X86_64
BINARY=64
USE_THREAD=1
USE_OPENMP=1
NUM_THREADS=12    #Ajuster en fonction du nombre de processeurs
NO_CBLAS=1    #CBLAS sera construit plus tard
NO_LAPACK=1    #LAPACK sera construit plus tard
# make all -j 4
# cp libgoto2.a ~/lib    #Un endroit pour partir définitivement (ici~/copier dans la bibliothèque)

Certains packages, tels que Theano, nécessitent une bibliothèque de liens dynamiques, alors créez également .so.

# mkdir tmp
# cd tmp
# cp ../libgoto2.a .
# ar -x libgoto2.a    # .une.Démonté en o
# gfortran -shared -lpthread -lgomp  -o libgoto2.so *.o
# cp libgoto2.so ~/lib    #Copier dans un endroit pour quitter définitivement
# export BLAS=~/lib/libgoto2.so    #Peut ne pas être nécessaire

CBLAS

Vous pouvez utiliser celui inclus dans SurviveGotoBLAS, mais ici vous le construisez vous-même. N'oubliez pas de spécifier le BLAS que vous avez construit précédemment lors de la construction de CBLAS. Attention, il est facile de l'oublier lors de la création .so (deuxième ligne à partir du bas).

# wget http://www.netlib.org/blas/blast-forum/cblas.tgz
# tar xzf cblas.tgz
# cd CBLAS
# cp Makefile.LINUX Makefile.in
# vim Makefile.in
BLLIB = ~/lib/libgoto2.a    #Voir BLAS ici
CBLIB = ../lib/libcblas.a    #Destination de sortie de CBLAS
LOADER = $(FC) -lpthread
CFLAGS = -O3 -m64 -fPIC -DADD_
FFLAGS = -O3 -m64 -fPIC
# make all -j 4
# cp lib/libcblas.a ~/lib    #Copier dans un endroit pour quitter définitivement
# gfortran -L${HOME}/lib -lgoto2 -shared -o libcblas.so *.o
# cp libcblas.so ~/lib    #Copier dans un endroit pour quitter définitivement

LAPACK

Construisez-le vous-même également. Spécifiez les bibliothèques créées jusqu'à présent lors de la construction de LAPACK.

# wget http://www.netlib.org/lapack/lapack.tgz
# tar xzf lapack.tgz
# cd lapack
# cp INSTALL/make.inc.gfortran make.inc
# vi make.inc
OPTS =  -O3 -m64 -fPIC
NOOPT = -O0 -m64 -fPIC
LOADOPTS = -L${HOME}/lib -lgoto2 -lcblas
# make lapacklib -j 4
# cp liblapack.a ~/lib    #Copier dans un endroit pour quitter définitivement
# mkdir tmp
# cd tmp
# cp ../liblapack.a .
# ar -x liblapack.a    # .une.Démonté en o
# gfortran -L${HOME}/lib -lgoto2 -lcblas -shared -o liblapack.so *.o
# cp liblapack.so ~/lib
# export LAPACK=~/lib/liblapack.so    #Peut ne pas être nécessaire

Numpy

Le but est d'éditer site.cfg avant de construire et de faire référence à BLAS et LAPACK.

# wget http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.9.0/numpy-1.9.0.tar.gz/download --no-check-certificate
# tar xzf numpy-1.9.0.tar.gz
# cd numpy-1.9.0
# cp site.cfg.example site.cfg
# vim site.cfg
[DEFAULT]
library_dirs = ${HOME}/lib
[atlas]
atlas_libs = goto2,cblas
# python setup.py build
# python setup.py install

Testé pour voir si cela fonctionne. Peut-être qu'il ne devrait y avoir aucune erreur ici.

# python -c "import numpy; numpy.test(verbose=2)"

Vous pouvez exécuter le script de test à ici pour vérifier la vitesse.

# python test_numpy.py

Scipy

# wget http://sourceforge.net/projects/scipy/files/scipy/0.14.0/scipy-0.14.0.tar.gz/download
# tar xzvf scipy-0.14.0.tar.gz
# cd scipy-0.14.0
# vim site.cfg
[DEFAULT]
library_dirs = ${HOME}/lib
[atlas]
atlas_libs = lapack,goto2,cblas

Ici, réécrivez scipy / lib / lapack / \ _ \ _ init \ _ \ _. Py comme suit.

(Vieux)

__init_old__.py

from scipy.linalg import flapack
from scipy.linalg import clapack
_use_force_clapack = 1
if hasattr(clapack,'empty_module'):
    clapack = flapack
    _use_force_clapack = 0
elif hasattr(flapack,'empty_module'):
    flapack = clapack''

(Nouveau)

__init__.py

from scipy.linalg import flapack
clapack = flapack
_use_force_clapack = 0

Enfin, construisez et installez et terminez.

# python setup.py build
# python setup.py install

Testons cela également. Bien qu'il puisse échouer occasionnellement,

# python -c "import numpy; numpy.test(verbose=2)"