Ich möchte verschiedene Dinge tun, aber zuerst muss ich die Originaldaten haben. Zur Zeit plane ich, RDKit zu verwenden, aber ich werde CDK verwenden, weil es eine andere Geschichte ist.
■CDK (ver 1.4.6) http://www.rguha.net/code/java/CDKDescUI-1.4.6.jar
Nein, ich kannte Java oder jar nicht ehrlich, also hatte ich große Probleme. Ich meine, ich habe die Argumente von CDK nicht wirklich verstanden. ..
Nein, schließlich ist es für mich. Ich bin jedoch so weit gegangen, wie ich mit einem Befehl gehen kann. Wenn Sie ihn also so verwenden können, wie er ist, bitte.
Windows 8 Pro (x64) jdk-11.0.2
Also CDK-Berechnung.
Dies wird in chronologischer Reihenfolge angezeigt.
Dies ist von der obigen URL Nachdem Sie gehört haben, dass CDK mit der GUI berechnet werden kann, suchen Sie zuerst nach "CDK GUI". Es war in Ordnung, 1.4.8 zu verwenden, was herauskam, aber aus irgendeinem Grund war es 1.4.6. Aber ich wollte es als Werkzeug verwenden, also habe ich die CUI-Version verwendet.
java.exe -jar xxxxxx.jar Es scheint, dass Sie die Ausführung der JAR-Datei mit anweisen können. Das stimmt ... hey ... danke. Dann startet die GUI-Version problemlos. Ich konnte vorerst einige Berechnungen ausprobieren, aber ich möchte eine CUI-Operation. java.exe -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -h Wie auch immer, ich habe Hilfe bekommen, also beziehen Sie sich bitte darauf ...
・ ・ ・
Und das konnte ich tun. Ich sollte der Lesbarkeit wirklich Priorität einräumen und Zeilen wie Fortschrittsprotokolle ausdünnen, aber ich wollte sie durch Kopieren nutzbar machen.
echo "just start"
echo %time%
echo " --- descriptors ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -t all -o descriptors.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_estate ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f estate -o f_estate.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_extended ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f extended -o f_extended.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_graph ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f graph -o f_graph.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_standard ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f standard -o f_standard.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_pubchem ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f pubchem -o f_pubchem.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_substructure ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f substructure -o f_substructure.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_signature ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f signature -o f_signature.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_circular ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f circular -o f_circular.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo "finished"
echo %time%
Die Informationen, die von GUI und CUI ausgegeben werden können, sind unterschiedlich ... Ist es falsch? Um ehrlich zu sein, war ich überrascht, Deskriptoren sowohl in der GUI als auch in der CUI auszuprobieren und die Dateien zu vergleichen. Es ist nicht so, dass CrLf und Lf unterschiedlich sind, aber die Reihenfolge der Spalten ist unterschiedlich. .. .. Nein, wenn Sie jede Spalte mit dem Spaltennamen in der Datenbank ablegen und in der Datei konsistent sind, ist sie immer noch ...
Hmm ... es ist immer noch gruselig.
Ich bin der Meinung, dass das Bezahlen für Java die größten Vorteile von Nicht-Windows beseitigt hat. Ich meine, sowohl .net als auch Powershell scheinen unter Linux zu funktionieren. C # kann den Charme ersetzen, den ich aus Sicht von Windows in Java empfunden habe. Ich frage mich, ob ich kein Java brauche ... Nein, wenn es verschwindet, kann Java-abhängiges CDK nicht verwendet werden. Nun, es wird nicht verschwinden.
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