Es gibt eine First-Principles-Berechnungssoftware namens OpenMX. Die First-Principles-Berechnung ist ein Rahmen zur Berechnung des elektronischen Zustands aus den Positionsinformationen eines Festkörpers. Nach der Theorie der allgemeinen Dichtefunktion können die elektronischen Zustände vieler Körper im Prinzip erhalten werden. Da jedoch bei tatsächlichen Berechnungen verschiedene Näherungswerte angewendet werden, nennen manche Leute dies möglicherweise keine First-Principles-Berechnungen (insbesondere im chemischen Bereich). Wie auch immer, ich werde es hier First-Principles-Berechnungssoftware nennen.
http://www.openmx-square.org/openmx_man3.9jp/index.html
Als ich versuchte, diese Software unter Ubuntu 18.04.5 LTS zu installieren, war ich überrascht, daher möchte ich sie hier schreiben, um die Lösung zu teilen. Bitte beachten Sie zunächst, dass das Makefile-Beispiel im japanischen Handbuch für gfortran falsch ist.
[Anmerkung] Es ist gefallen, als ich zwei Parallelen mit mpirun gemacht habe, also kann es immer noch falsch sein. Wenn jemand weiß, würden wir uns freuen, wenn Sie zusammenarbeiten könnten.
Bereiten Sie eine VirtualBox vor und protokollieren Sie Ihre Arbeit, wenn Sie OpenMX auf einem sauberen Ubuntu 18.04.5 LTS installieren. Das Folgende ist der Befehl, der im Terminal ausgeführt wird.
wget https://apt.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS-2019.PUB
sudo apt-key add GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS-2019.PUB
sudo sh -c 'echo deb https://apt.repos.intel.com/mkl all main > /etc/apt/sources.list.d/intel-mkl.list'
sudo apt-get update
sudo apt-get install intel-mkl-2020.0-088
sudo apt install gfortran
sudo apt install emacs
sudo apt install openmpi-doc openmpi-bin libopenmpi-dev
echo "source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64" | cat >> ~/.bashrc
sudo apt install libfftw3-3 libfftw3-dev libfftw3-doc
wget http://t-ozaki.issp.u-tokyo.ac.jp/openmx3.9.tar.gz
wget http://www.openmx-square.org/bugfixed/20Feb11/patch3.9.2.tar.gz
tar -xvf openmx3.9.tar.gz
cp ./patch3.9.2.tar.gz openmx3.9/source/
cd openmx3.9/source
tar zxvf patch3.9.2.tar.gz
mv kpoint.in ../work/
Was hast du getan?
ist. Als nächstes spielen Sie mit dem Makefile.
emacs makefile &
Makefile
MKLROOT = /opt/intel/mkl
CC = mpicc -O3 -fopenmp
FC = mpif90 -O3 -fopenmp
LIB = -lgfortran -lmpi_mpifh -L${MKLROOT}/lib/intel64 -Wl,--no-as-needed -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lgomp -lpthread -lm -ldl -lfftw3
Es ist in Ordnung, wenn Sie es tun. Da make zu diesem Zeitpunkt noch nicht installiert ist,
sudo apt install make
Machen. Und
make all
Machen. Mit dieser Marke passiert etwas Interessantes, das nur Ubuntu bietet. Mitten drin,
`sqrt'Unbestimmte Anspielung auf
Es wirft einen solchen Fehler aus und fällt. Schauen, wo es fiel,
mpicc -O3 -fopenmp -I./elpa-2018.05.001 -g gcube2oned.c -o gcube2oned
Es ist. Der Fehler, dass sqrt nicht definiert ist, tritt auf, wenn die Mathematikbibliothek nicht verknüpft ist. Sie können also die Option -lm hinzufügen, aber im Fall von Ubuntu wird aus irgendeinem Grund der gleiche Fehler angezeigt, wenn Sie am Ende nicht -lm hinzufügen. Deshalb,
mpicc -O3 -fopenmp -I./elpa-2018.05.001 -g gcube2oned.c -o gcube2oned -lm
make all
Sagen wir. Jetzt können Sie diesen Teil mit -lm richtig kompilieren und mit make all fortfahren.
Schließlich,
make install
Machen.
Um den Betrieb zu überprüfen
cd ../work
mpirun -np 1 openmx Methane.dat -nt 1 > met.std
cat met.std
Und
The calculation was normally finished.
Es wird in Ordnung sein, wenn es gibt.
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