Einführung

Dieser Artikel ist der Inhalt der Vorlesung, die auf dem 2. openEHR-Workshop im Jahr 2020 vorgestellt wurde. EHRbase ist eine der Open-Source-Softwareimplementierungen der openEHR-Spezifikation. Dieses Mal werden wir die Architektur von EHRbase und das Erstellen einer Entwicklungsumgebung vorstellen.

Die folgenden Inhalte beziehen sich auf die folgenden Materialien und das Memo von Professor Eiyoshi Kimura von der Ehime University.

EHRbase(GitHub repository)
- https://github.com/ehrbase/
EHRbase project
- https://ehrbase.org/
Christian Chevalleys Präsentation auf der EHRbase, dem 3. openEHR Asia Summit
- https://www.slideshare.net/openEHR-Japan/ehrbase-open-source-openehr-cdr

EHRbase-Entwicklungsumgebung

Listet die wichtigsten Softwarekomponenten auf, die von EHRbase als Entwicklungsumgebung verwendet werden. Die Umgebung wird mit Docker erstellt, aber bitte installieren Sie sie bei Bedarf.

docker
Java JDK / JRE 11 (OpenJDK empfohlen)
Maven
Springboot
PostgreSQL 10.4-
- jsquery plugin
- temporal template
Postman
Ocean archetype editor, template designer

EHRbase Übersicht

EHRbase ist eine der Open-Source-Software-Implementierungen von EHR-Servern gemäß der openEHR-Spezifikation.
Die Entwicklung wird 2019 nach dem Fluss von MEDScape und EtherCIS beginnen.
Derzeit entwickelt sich auf GitHub ein Entwicklungsteam von 16 Mitarbeitern.
Wir bauen mit Springboot einen EHR-Server mit moderner Plattformarchitektur.
- REST API, JSON/XML message
Speichert und verwaltet EHR-Daten, verarbeitet jedoch keine Informationen wie persönliche Namen und Adressen
- OpenEPMI
in Japan?
Clients sind nicht enthalten, einschließlich der Benutzeroberfläche. (SDK bereitgestellt)

Was EHRbase anstrebt

Implementierung von EHR mit Open Source-Software, die der openEHR-Spezifikation entspricht
Verringern Sie die Hindernisse für Anbieter, Krankenhäuser und Regierungen, veröffentlichte Standards und Plattformen einzuführen, die die Interoperabilität mit ihnen herstellen.
Es wird die Grundlage sein, die die datengesteuerte medizinische Versorgung unterstützt und die Interoperabilität in der medizinischen Versorgung im 21. Jahrhundert realisiert.
Es sollte auch für elektronische Rezepte und ein intensives Behandlungsmanagement mit komplizierten Arbeitsabläufen verfügbar sein.
Machen Sie es einfach, medizinische Software der nächsten Generation zu entwickeln.

EHRbase Organisationsführung

Hanover Medical College
Vitasystems Gmbh
HiGHmed Medical Informatics, sponsored by:
- German Ministry of Education and Research
- Medical Informatics Initiative Germany
Open Source Governance
Verhaltensorientierte Entwicklung
SCRUM-Ansatz (1 Sprint für 2 Wochen)

EHRbase-Architektur

Christian Chevaley, EHRbase, the 3rd openEHR Asia summit, online, July 24, 2020.

EHRbase und Umgebung

Christian Chevaley, EHRbase, the 3rd openEHR Asia summit, online, July 24, 2020.

EHRbase server

Sichere REST-API (unterstützt verschiedene Authentifizierungsverfahren, einschließlich OAuth2)
Führen Sie openEHR-konforme CRUD-Transaktionen und -Validierungen durch
Abfrageverarbeitung (AQL) für openEHR-Objekte
Pflegen Sie ein lokales Knwoledge-Modell
Datenzentrierte Architektur
Unterstützt die neueste Architektur von openEHR

EHRbase SDK

Kann mit Vorlagen umgehen (Wissensdatenbank)
Vorlage kann in POJO-Klasse konvertiert werden
Stellen Sie den EHRbase-Client-Endpunkt als Java-Methode bereit
- EHR
- Template
- Composition
- Querying(AQL)
- Directory
Unterstützt die Serialisierung und Validierung von openEHR-Objekten
Generieren Sie REST-API-Nutzdaten

Bau der Entwicklungsumgebung

Vor der Installation von EHRbase

Dieses Mal werden wir die Umgebung mit Docker erstellen, damit wir die Umgebung so vorbereiten, dass Docker funktioniert. Docker-Engine und Docker-Compose funktionieren mit relativ neuen Versionen, jedoch nicht mit älteren Versionen um Version 1.7.

Linux
Bitte installieren Sie Docker und Docker-Compose entsprechend jeder Distribution.
Windows
Bitte WSL2-Umgebung pflegen, bevor Sie die Docker-Umgebung vorbereiten.
Ich habe es unter Ubuntu 20.04LTS versucht, aber ich denke, andere Distributionen sind in Ordnung.
Mac
Ich habe es nicht ausprobiert, aber Docker scheint zu funktionieren.

EHRbase-Installation

** Wichtig **: Bitte beachten Sie, dass das offizielle Verfahren dazu führen kann, dass es nicht mehr funktioniert.

Java wird diesmal nicht verwendet, für die Entwicklung ist jedoch eine JDK 11-äquivalente Installation erforderlich. Installieren Sie es daher entsprechend Ihrer Umgebung.
Die Reihenfolge ist wie folgt.

Erstellen Sie ein Docker-Netzwerk
Einrichten eines Containers mit PostgreSQL und verwandten Plugins
Erstellen Sie einen EHRbase-Anwendungscontainer

Docker-Netzwerk erstellen

Erstellen Sie mit dem folgenden Befehl ein Docker-Netzwerk für EHRbase

$ docker network create ehrbase-net

Wenden Sie sich an das Docker-Netzwerk. Wenn Folgendes angezeigt wird, ist dies in Ordnung.

$ docker network ls
NETWORK ID          NAME                DRIVER              SCOPE
2c6a5b55365a        bridge              bridge              local
4b82d2167e35        ehrbase-net         bridge              local
5ee3d71c037f        host                host                local
31ab9819a783        none                null                local

Einrichten eines Containers mit PostgreSQL und verwandten Plugins

Wenn Sie PostgreSQL bereits verwenden, können Sie es so verwenden, wie es ist, aber Sie müssen das Plug-In installieren.

Verwenden Sie Docker

$ docker run --name ehrdb --network ehrbase-net -e POSTGRES_PASSWORD=postgres -d -p 5432:5432 ehrbaseorg/ehrbase-postgres:latest

Wenn Sie Docker nicht verwenden, installieren Sie PostgreSQL (Version 10.4 oder höher) und anschließend das folgende Plug-In. Installieren Sie für Ubuntu die erforderlichen Pakete wie unten gezeigt.

$ sudo apt install gcc bison flex postgresql libpq-dev postgresql-server-dev-all openjdk-11-jdk maven

Installieren Sie tamporal_tables

`temporal_tables`


$ git clone https://github.com/arkhipov/temporal_tables.git
$ cd temporal_tables
$ make
$ sudo make install
$ make installcheck

Wenn bei make install check ein Fehler auftritt, erstellen Sie in PostgreSQL eine ROLLE mit demselben Namen wie Ihr Linux-Benutzername und erteilen Sie die Berechtigung zum Erstellen der Datenbank.
Installieren Sie jsquery

`jsquery`


$ git clone https://github.com/postgrespro/jsquery.git
$ cd jsquery
$ make USE_PGXS=1
$ sudo make USE_PGXS=1 install
$ make USE_PGXS=1 installcheck

Wenn bei make install check ein Fehler auftritt, erstellen Sie in PostgreSQL eine ROLLE mit demselben Namen wie Ihr Linux-Benutzername und erteilen Sie die Berechtigung zum Erstellen der Datenbank.

Erstellen Sie einen EHRbase-Server

Es ist bequem, Docker zu verwenden.

$ docker run --name ehrbase --network ehrbase-net -d -p 8080:8080 -e DB_URL=jdbc:postgresql://ehrdb:5432/ehrbase -e DB_USER=ehrbase -e DB_PASS=ehrbase -e SYSTEM_NAME=local.ehrbase.org ehrbaseorg/ehrbase:latest

Bestätigen Sie die Ausführung wie folgt.

$ docker exec -i -t ehrbase /bin/bash

Wenn Sie die Entwicklungsumgebung ohne Docker erstellen möchten, gehen Sie wie folgt vor.
Initialisierung der Datenbanktabelle

$ git clone https://github.com/ehrbase/ehrbase.git
$ cd ehrbase
$ sudo -u postgres psql -e < ./base/db-setup/createdb.sql

Maven-Umgebungseinstellungen
Bearbeiten Sie ggf. pom.xml.
Paket erstellen

$ mvn package

Führen Sie EHRbase aus.
Wenn es sich um die aktuelle Version handelt, führen Sie den folgenden Befehl aus.

$ java -jar application/target/application-0.13.0.jar

API-Bestätigung

Wenn es zu funktionieren scheint, sehen Sie eine Liste der mit Swagger-ui erstellten APIs. Der Benutzer mit Standardauthentifizierung ist ehrbase-user und das Kennwort lautet SuperSecretPassword.

http://localhost:8080/ehrbase/swagger-ui.html

EHR-Registrierung

Registrieren wir EHR mit Postman. Verwenden Sie das folgende JSON-Beispiel aus dem offiziellen Tutorial.

{
  "_type": "EHR_STATUS",
  "subject": {
    "external_ref": {
      "id": {
        "_type": "GENERIC_ID",
        "value": "ins01",
        "scheme": "id_scheme"
      },
      "namespace": "ehr_craft",
      "type": "PERSON"
    }
  },
  "other_details": {
    "_type": "ITEM_TREE",
    "items": []
  },
  "is_modifiable": "true",
  "is_queryable": "true"
}

Vorlagenregistrierung

Erstellen Sie eine Vorlage mit einer Vorlagenbearbeitungssoftware wie Ocean Template Designer. Einmal erstellt, Ausgabe im Betriebsvorlagenformat.

Nachdem Sie den Inhalt der XML-Datei überprüft haben, registrieren Sie sie gemäß der API bei Postman.

Die registrierte Datei kann auch mit Postman angezeigt werden.

Das nächste Mal werden wir CRUD-Daten basierend auf dieser Vorlage registrieren, lesen, aktualisieren und löschen.

[JAVA] Einführung in EHRbase 1-Übersicht und Umgebungswartung