ImageJ ist eine Java-basierte Bildverarbeitungssoftware, die von NIH entwickelt wurde. Es wird standardmäßig in der biologischen Forschung eingesetzt.
Da ImageJ Open Source ist, gibt es viele Distributionen, und Fidschi ist besonders beliebt. Daher heißt es "Fidschi ist nur Bild J". Wenn Sie denken, "Ich möchte diese Art der Verarbeitung durchführen" in der Bildanalyse, hat Fidschi die meisten Funktionen. (Fortgeschrittene sind jedoch ausgeschlossen. Lassen Sie uns fortgeschrittene in MATLAB oder Python implementieren.)
Die Grundfunktionen für die Verwendung von ImageJ sind nachstehend zusammengefasst.
Wenn Sie beispielsweise ein Video aufnehmen, lädt ImageJ es als Sammlung mehrerer Bilder. Beim Speichern im TIF-Format können mehrere Bilder in einer Datei als eine Gruppe (Stapel) gespeichert werden. Als Stapel gibt es eine Verbindung in Richtung der Zeitachse wie bei einem Film, aber es gibt andere Stapel, wenn die Tiefe (z-Richtung) geändert wird (dh ein Stapel, der durch Schneiden von 3D-Daten erstellt wird), wie z. B. RGB. Aufgrund des Wellenlängenunterschieds besteht eine Verbindung (Kanal). In ImageJ können diese drei Verbindungen in einen Stapel unterteilt werden, und es ist möglich, einen Hyperstapel zu verarbeiten, der bis zu fünfdimensionale Informationen enthalten kann. Hyperstacks können auch als TIF-Dateien gespeichert werden. Wenn Sie dies jedoch mit MATLAB usw. lesen, wird der 5-dimensionale Stapel auch als 3D gelesen. Die Reihenfolge ist Kanal, Z-Stapel und Zeitstapel.
LookUp Eine häufige Aufgabe besteht darin, die Helligkeit mit Helligkeit / Kontrast unter Anpassen auf der Registerkarte Bild linear zu konvertieren. Sie können die Farbe auch mit Nachschlagetabellen ändern. LookUp ändert nur das Erscheinungsbild, daher ist der Punkt, dass ** der Helligkeitswert des Bildes überhaupt nicht geändert wird **. Ich ändere nur die Anzeigemethode. Wenn Sie sich das gespeicherte mit einer anderen Software ansehen, ändert es sich möglicherweise überhaupt nicht. Wenn Sie jedoch auf die Schaltfläche [Übernehmen] klicken, wird das Erscheinungsbild übernommen und der Helligkeitswert ändert sich.
ROI(region of interest) Es ist eine Funktion, um den Bereich des Bildes anzugeben und zu markieren und das Pixel als den interessierenden Bereich festzulegen. Für gestapelte Bilder können Sie auch Slices angeben und markieren. Die Schaltflächen Quadrat und Kreis sind die Einstellungen für die Ermittlung des ROI. Sie können den durch den Befehl [crtl key + t] eingeschlossenen ROI in der ROI-Maneger registrieren. [Messen] zeigt die Informationen für den Bereich an. Der ROI kann als Überlagerung an das Bild angehängt und als separate Roi-Datei vom Bild gespeichert werden.
Sie können auch Metainformationen wie die Länge pro Pixel (dh die Auflösung) festlegen und im tif-Dateiformat speichern. Informationen finden Sie unter [Eigenschaften ...] und so weiter. Sie können auch eine Skalierungsleiste mit [Skalierungsleiste ...] basierend auf diesen Längeninformationen hinzufügen.
Ein Makro ist eine Funktion, die eine Reihe von Prozessen aufzeichnet und automatisiert. Die Aufnahme beginnt mit [Aufnahme ...] von [Makros] von [Plugin], und dann wird die von Ihnen vorgenommene Verarbeitung aufgezeichnet. Es ähnelt einem Excel-Makro und ist sehr nützlich. Makros können als ijm-Dateien gespeichert werden.
plugin Es ähnelt einem Makro, ist jedoch eine Funktion, mit der Sie die Funktionalität von ImageJ erweitern können. Viele Plugins werden auf der ImageJ-Homepage vorgestellt. Es wird installiert, wenn Sie die JAR-Datei (kompilierte ausführbare Java-Datei) in den Plugin-Ordner legen. Sie können auch Ihr eigenes Plugin entwickeln und in Java schreiben.
Recommended Posts