Um eine Genomanalyse durchführen zu können, muss eine große Anzahl von Software installiert werden, aus der die Analysepipeline besteht. Der Server, der persönliche Informationen verarbeitet, die als Genom bezeichnet werden, ist jedoch aus Sicherheitsgründen normalerweise vom Internet isoliert. Sobald die Analyse-Pipeline erstellt ist, werden Betriebssystem und Software vorerst nicht aktualisiert. Aufgrund verschiedener Umstände wurde es erforderlich, die in R geschriebene Analyse nur mit Benutzerrechten zur Pipeline hinzuzufügen. Die Installation des R-Pakets erfolgte jedoch in der Netzwerkumgebung und war nicht einfach. Aus diesem Grund habe ich beschlossen, die alten Linux- und alten R-Versionen nicht in der Offline-Umgebung zu aktualisieren, sondern die erforderlichen Pakete mit der entsprechenden Version zu installieren.
Online-Umgebung:
Ich denke, dass jede Software, die eine virtuelle Umgebung erstellen kann, angegeben werden kann, aber diesmal verwende ich Parallels. Gehen Sie zunächst zu http://mirror.nsc.liu.se/centos-store/ und folgen Sie der Verzeichnisstruktur der gewünschten Version (6.4) → isos → x86_64. Da das Einstellen der Netzwerkumgebung mit der Mindestkonfiguration CentOS-6.4-x86_64-minimal.iso problematisch ist, laden Sie CentOS-6.4-x86_64-bin-DVD1.iso herunter und installieren Sie die Desktop-Version. Der Download war nur 300kbps und dauerte ca. 4 Stunden. Wenn Sie die Standardinstallation mithilfe der heruntergeladenen Image-Datei auswählen und fortfahren, kann die GUI in ca. 10 Minuten angegeben werden. Wenn eine Netzwerkverbindung hergestellt wird, wird automatisch eine IP-Adresse zugewiesen (z. B. 10.211.55.XX). Melden Sie sich danach mit ssh vom Host aus an und arbeiten Sie am Terminal. Melden Sie sich einmal als root an und erteilen Sie sudo die Berechtigung. Da eine GUI nicht erforderlich ist, starten Sie sie mit CUI. Stellen Sie den Proxy entsprechend ein. http://mzgkworks.com/post/linux-su-sudo/ https://qiita.com/Esfahan/items/a159753d156d23baf180 http://blog.doli.jp/blog/2012/post526/ https://qiita.com/hirohiro77/items/cdf6d8baa619c0e0e82d https://kitamix.net/archives/set-proxy-when-rstudio-started/1049
Laden Sie die gewünschte Version der tar.gz-Datei von der unten stehenden CRAN-Website herunter. https://cran.r-project.org/src/base/
wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.1.tar.gz
Speichern Sie es in einem geeigneten Verzeichnis (~ / etc.) und erstellen Sie es. Im Zusammenhang mit bzip2 tritt ein Fehler auf. Beachten Sie daher Folgendes. https://www.21064.com/2018/11/07/rhel7-r-3-3-1-install/ http://pentan.info/server/linux/zlib.html https://noknow.info/it/os/install_bzip2_from_source?lang=ja https://qiita.com/kuchida1981/items/d028940ade41096490de http://note.kurodigi.com/sudo-path/ https://stats.biopapyrus.jp/r/devel/r-install.html
tar zxvf R-3.4.1.tar.gz
cd R-3.4.1
sudo yum groupinstall "Development Tools"
sudo yum install ncurses-devel zlib-devel texinfo gtk+-devel gtk2-devel qt-devel tcl-devel tk-devel kernel-headers kernel-devel readline-devel
sudo yum install bzip2-devel
wget http://zlib.net/fossils/zlib-1.2.5.1.tar.gz
sudo tar zxvf zlib-1.2.5.1.tar.gz
cd zlib-1.2.5.1
make clean
sudo CFLAGS='-mstackrealign -fPIC -O3' ./configure
sudo make
sudo make install
cd ~
sudo yum install openssl-devel
wget https://sourceware.org/pub/bzip2/bzip2-1.0.6.tar.gz --no-check-certificate
sudo tar xvfz bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
sudo make clean
sudo make
sudo make install
export PATH=$PATH:/usr/local/bin/bzip2
vi ~/.bash_profile # export PATH=$PATH:/usr/local/bin/Bzip2 hinzugefügt
su -
visudo # Defaults env_keep += "PATH"Nachtrag
# Defaults env_Kommentar zurücksetzen
#Defaults secure_path=Auskommentieren
cd ~
wget https://tukaani.org/xz/xz-5.2.4.tar.gz --no-check-certificate
sudo tar xzvf xz-5.2.4.tar.gz
sudo ./configure --prefix=/home/$USER/local
sudo make
sudo make install PREFIX=/home/$USER/local
cd ~
wget https://ftp.pcre.org/pub/pcre/pcre-8.42.tar.gz --no-check-certificate
sudo tar xzvf pcre-8.42.tar.gz
cd pcre-8.42
sudo ./configure --prefix=/home/$USER/local --enable-utf8
sudo make
sudo make install
cd ~
wget https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gz --no-check-certificate
sudo tar xzvf curl-7.61.0.tar.gz
cd curl-7.61.0
sudo ./configure --enable-libcurl-option
sudo make
sudo make install
LIBCURL_LOCAL_DIR="/home/[user name]/local/bin/curl"
export PATH=$LIBCURL_LOCAL_DIR/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LIBCURL_LOCAL_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LIBCURL_CFLAGS=-I$LIBCURL_LOCAL_DIR/include
export LIBCURL_LIBS=-L$LIBCURL_LOCAL_DIR/lib
export CPPFLAGS="-I/home/[user name]/local/include" # ~/.Zu bashrc hinzugefügt
export LDFLAGS="-L/home/[user name]/local/lib" # ~/.Zu bashrc hinzugefügt
cd ~/R-3.4.1
./configure
sudo make
sudo make install
sudo yum install libxml2-devel
sudo yum install openssl-devel
Das Paket, das ich dieses Mal verwenden möchte, ist ein Paket auf meinem eigenen Github, und ich verwende das in CRAN und Bioconductor registrierte Paket. https://github.com/MANO-B/MicroSEC Installieren Sie zunächst das abhängige Paket.
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)){
install.packages("BiocManager")
}
install.packages(c('tidyr', 'openxlsx', 'data.table', 'R.utils', 'stringr', 'magrittr', 'dplyr', 'gtools', 'devtools'), dependencies = TRUE)
BiocManager::install(c("Rsamtools", "Biostrings", "GenomicAlignments", "GenomeInfoDb"), update=FALSE)
# install necessary genomes
BiocManager::install("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38", update=FALSE)
BiocManager::install("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", update=FALSE)
BiocManager::install("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10", update=FALSE)
Wenn Sie es aufgrund der Version des Compilers nicht richtig installieren können, installieren Sie es von github.
devtools::install_github(”tidyverse/tidyr", ref="v1.1.0")
Installieren Sie abschließend das Zielpaket und überprüfen Sie den Vorgang entsprechend.
devtools::install_github("MANO-B/MicroSEC", upgrade="never")
library(MicroSEC)
fun_zero(4, 2)
Kopieren Sie anschließend das Paket in die Offline-Umgebung und beenden Sie den Vorgang.
cd ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library
scp -r 3.4 XXX.XXX.XXX.XXX:~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/
Überprüfen Sie den Betrieb.
$ R
> library(MicroSEC)
> fun_zero(4, 2)
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