Je veux faire diverses choses, mais avant tout, je dois avoir les données originales. Pour le moment, je prévois d'utiliser RDKit, mais je vais utiliser CDK car c'est une autre histoire.
■CDK (ver 1.4.6) http://www.rguha.net/code/java/CDKDescUI-1.4.6.jar
Non, je ne connaissais ni Java ni jar honnêtement, donc j'ai eu beaucoup de problèmes. Je veux dire, je n'ai pas vraiment compris les arguments de CDK. ..
Non, après tout c'est pour moi. Cependant, je suis allé aussi loin que possible avec une seule commande, donc si vous pouvez l'utiliser tel quel, s'il vous plaît.
Windows 8 Pro (x64) jdk-11.0.2
Donc calcul CDK.
Ceci est affiché dans l'ordre chronologique.
Ceci provient de l'URL ci-dessus Après avoir entendu que CDK peut être calculé avec GUI, recherchez d'abord "CDK GUI". C'était correct d'utiliser 1.4.8, qui est sorti, mais pour une raison quelconque, c'était 1.4.6. Mais je voulais l'utiliser comme outil, j'ai donc utilisé la version CUI.
java.exe -jar xxxxxx.jar Il semble que vous puissiez ordonner l'exécution du fichier jar avec. C'est vrai ... hé ... merci. Ensuite, la version GUI démarre facilement. J'ai pu essayer quelques calculs pour le moment, mais ce que je veux, c'est le fonctionnement CUI. java.exe -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -h Quoi qu'il en soit, j'ai obtenu de l'aide, alors veuillez vous y référer ...
・ ・ ・
Et c'est ce que j'ai pu faire. Je devrais vraiment donner la priorité à la lisibilité et aux lignes fines comme les journaux de progression, mais je voulais le rendre utilisable en copiant.
echo "just start"
echo %time%
echo " --- descriptors ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -t all -o descriptors.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_estate ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f estate -o f_estate.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_extended ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f extended -o f_extended.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_graph ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f graph -o f_graph.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_standard ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f standard -o f_standard.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_pubchem ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f pubchem -o f_pubchem.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_substructure ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f substructure -o f_substructure.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_signature ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f signature -o f_signature.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo " --- f_circular ---"
echo %time%
java -jar CDKDescUI-1.4.6.jar -f circular -o f_circular.csv Compound_000000001_000025000.sdf -b
echo "finished"
echo %time%
Les informations qui peuvent être sorties par GUI et CUI sont différentes ... Est-ce que c'est faux? Pour être honnête, j'ai été surpris d'essayer des descripteurs dans l'interface graphique et la CUI et de comparer les fichiers. Ce n'est pas que CrLf et Lf sont différents, mais l'ordre des colonnes est différent. .. .. Non, si vous déposez chaque colonne dans la base de données avec le nom de la colonne, si elle est cohérente dans le fichier, elle est toujours ...
Hmm ... c'est toujours effrayant.
Je pense que payer pour Java a éliminé les plus grands avantages des non-Windows. Je veux dire, .net et powershell semblent fonctionner sous Linux. C # peut remplacer le charme que je ressentais en Java du point de vue de Windows. Je me demande si je n'ai pas besoin de Java ... Non, s'il disparaît, le CDK dépendant de Java ne sera pas utilisable? Eh bien, il ne disparaîtra pas.