[DOCKER] À propos de Biocontainers fastqc et Java

Aperçu

Une trace de pile peut apparaître dans une version spécifique de fastqc de BioContainers Community.

j'ai utilisé

quay.io/biocontainers/fastqc:0.11.7--5

De plus, il arrive parfois que le traçage de pile apparaisse avec des outils utilisant Java.

Conclusion

Utilisez quay.io/biocontainers/fastqc: 0.11.8--1. Il semble que des versions ultérieures puissent être utilisées.

En outre, certains outils basés sur Java produisent parfois des traces de pile autour de la bibliothèque partagée. Dans ce cas, si vous pouvez passer à une nouvelle version, passez à celle-ci. Si vous ne pouvez pas faire cela, essayez de créer un problème.

Journal

quay.io/biocontainers/fastqc:0.11.7--5

Quand tu fais ça

Analysis complete for SRR1812671.fastq
Exception in thread "Thread-2" java.lang.UnsatisfiedLinkError: /usr/local/jre/lib/amd64/libfontmanager.so: libfreetype.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory
        at java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method)
        at java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1941)
        at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1845)
        at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Runtime.java:870)
        at java.lang.System.loadLibrary(System.java:1122)
        at sun.font.FontManagerNativeLibrary$1.run(FontManagerNativeLibrary.java:61)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at sun.font.FontManagerNativeLibrary.<clinit>(FontManagerNativeLibrary.java:32)
        at sun.font.SunFontManager$1.run(SunFontManager.java:361)
        at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
        at sun.font.SunFontManager.<clinit>(SunFontManager.java:357)
        at sun.font.FontDesignMetrics.getMetrics(FontDesignMetrics.java:264)
        at sun.java2d.SunGraphics2D.getFontMetrics(SunGraphics2D.java:856)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Graphs.QualityBoxPlot.paint(QualityBoxPlot.java:88)
        at javax.swing.JComponent.print(JComponent.java:1203)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.AbstractQCModule.writeDefaultImage(AbstractQCModule.java:68)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.PerBaseQualityScores.makeReport(PerBaseQualityScores.java:199)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.<init>(HTMLReportArchive.java:131)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:178)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)
        at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)
Analysis complete for SRR1812639.fastq
Exception in thread "Thread-1" java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class sun.font.SunFontManager
        at sun.font.FontDesignMetrics.getMetrics(FontDesignMetrics.java:264)
        at sun.java2d.SunGraphics2D.getFontMetrics(SunGraphics2D.java:856)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Graphs.QualityBoxPlot.paint(QualityBoxPlot.java:88)
        at javax.swing.JComponent.print(JComponent.java:1203)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.AbstractQCModule.writeDefaultImage(AbstractQCModule.java:68)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.PerBaseQualityScores.makeReport(PerBaseQualityScores.java:199)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.<init>(HTMLReportArchive.java:131)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:178)
        at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)
        at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

J'obtiens cette erreur.

Lorsque j'ai utilisé la nouvelle version, l'erreur a disparu.

quay.io/biocontainers/fastqc:0.11.8--1