Convertir MetaImageIO (* .mha, * .mhd) en pile tiff

Utilisez Simple ITK avec python

La partie principale est la suivante. Si vous spécifiez tiff dans la sortie, il deviendra automatiquement un fichier de pile.

import SimpleITK as sitk

reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetImageIO("MetaImageIO")
reader.SetFileName(inputImageFileName)
image = reader.Execute();

writer = sitk.ImageFileWriter()
writer.SetImageIO("TIFFImageIO")
writer.SetFileName(outputImageFileName)
writer.Execute(image)

Vous pouvez lire et écrire d'autres fichiers en modifiant SetImageIO.

Pour faciliter son utilisation dans le terminal, je fais ce qui suit:

mhd2tif

#!/usr/bin/env python3
import os,sys
import SimpleITK as sitk

if len(sys.argv)!=3 :
    print("usage: mhd2tif infile.mhd out.tif")
    exit()

inputImageFileName = sys.argv[1]
outputImageFileName = sys.argv[2]

if os.path.isfile(inputImageFileName)==False :
    print(inputImageFileName + ": not found.")
    exit()

reader = sitk.ImageFileReader()
reader.SetImageIO("MetaImageIO")
reader.SetFileName(inputImageFileName)
image = reader.Execute();

writer = sitk.ImageFileWriter()
writer.SetImageIO("TIFFImageIO")
writer.SetFileName(outputImageFileName)
writer.Execute(image)

référence

https://simpleitk.readthedocs.io/en/master/IO.html