Combinaison de anyenv et direnv

Contexte

Les caractéristiques de chacun seront données sur une autre page.

Laisse moi te donner un exemple.

Il existe un progiciel bio appelé Qiime, et il est difficile de l'installer vous-même. Je dois installer diverses commandes bio,

• Les commandes individuelles ne sont pas nécessairement la dernière version
• De nombreuses variables d'environnement doivent être définies
• Si vous l'installez en bas, il polluera / usr / local /

Si vous pouvez dire cela, vous ne voulez pas y toucher. De plus, je souhaite en ajouter un nouveau au serveur,

• Changer avec des «alternatives»? Un peu téméraire
• Comme prévu, bio linux ne peut pas être installé séparément sur le serveur.
• Dans l'ancien temps, «qiime-deloy» est un traumatisme. Ça marche maintenant?

C'est comme ressentir

Pas seulement l'exemple ci-dessus

Avec les outils bio, il y a des tonnes de petites commandes et de scripts ajoutés.

Même si j'essaie de l'introduire, je vais épuiser divers nerfs. S'il y a un conflit de nom de commande, gérer la liste installée cette fois, désinstaller, etc. En outre, chacun d'eux m'a demandé de définir des variables d'environnement détaillées, et en un clin d'œil, . * Shrc a été foiré.

Bien entendu, je veux un outil de changement d'environnement simple (y compris les variables d'environnement).

Changement d'environnement

Vous pouvez changer de commande avec les types "virtualenv" et "pyenv-virtualenv", mais il est difficile de changer même les variables d'environnement. Au contraire, direnv ne touche pas la partie gestion de la commande.

Donc,

1. La gestion de l'installation des commandes est pyenv (ʻanyenv`)
2. Pour la vérification des logiciels à petite échelle, créez un environnement multi-tenant pour celui-ci et utilisez pyenv shell pour ignorer les variables d'environnement sur le shell. Pour qu'il soit coupé une fois le travail terminé

• Facile à gérer même s'il ne nécessite pas python (?)

3. Laissez le changement de progiciel à grande échelle sur une base quotidienne à «direnv».
4. Les outils nécessaires pour configurer un serveur Web sont les mêmes qu'auparavant.

Sur la base du concept simple de ʻanyenv direnv`, nous avons décidé d'installer et de construire l'environnement. Ci-dessous, nous l'utiliserons comme exemple en supposant qu'un environnement isolé de Qiime-1.8.0 sera créé.

CentOS 6.6 (certains macs)

anyenv

1. Installation de l'unité principale ʻanyenv`
2. Installez pyenv, plenv, jenv

Pour l'instant, je n'ai besoin d'aucun autre * env dans la pratique

Tout d'abord, évacuez

python

$ mv .bashrc .bashrc~
$ mv .local .local.bak

• Si .bashrc est sale
• $ PYTHONPATH va en lecture et se dirige vers ~ / .local.

S'il y a quelque chose dans le chemin de bibliothèque commun tel que .local dans les vestiges du passé, il doit être rangé

installation anyenv

python

$ export PERL5OPT=   #<=Seulement nous avons besoin
$ git clone https://github.com/riywo/anyenv ~/.anyenv
$ export PATH=${HOME}/.anyenv/bin:$PATH
$ eval "$(anyenv init -)"

installation pyenv

python

$ anyenv install pyenv
$ git clone https://github.com/yyuu/pyenv-virtualenv.git ~/.anyenv/envs/pyenv/plugins/pyenv-virtualenv
$ eval "$(anyenv init -)"     # exec $SHELL -l 
$ pyenv install 2.7.3         # @mac: $ CFLAGS="-I$(xcrun --show-sdk-path)/usr/include" pyenv install 2.7.3
$ pyenv install 3.3.6
$ pyenv rehash

• Qiime-1.8.0 inclut automatiquement pip utilisé pour diverses installations

Sur mac, lors de l'installation de python

python

$ CFLAGS="-I$(xcrun --show-sdk-path)/usr/include" pyenv install 2.7.3 

Si tu ne le fais pas, ça ne marchera pas

pyenv-virtualenv Créer un environnement isolé à utiliser avec Vous pouvez créer plusieurs environnements avec la même version de python

python

$ pyenv virtualenv 2.7.3 qiime
$ pyenv rehash

• Donnez le nom du progiciel, etc.
• Installez le module python etc. requis pour Qiime-1.8.0 dans $ {HOME} /. Anyenv / envs / pyenv / versions / qiime

installation plenv

plenv

$ anyenv install plenv
$ plenv install 5.20.1
$ plenv shell 5.20.1
$ plenv install-cpanm

cpanm est installé séparément

installation de jenv

jenv

$ anyenv install jenv
$ alternatives --config java

Il y a 3 programmes'java'Fournir.

Sélectionnez la commande
-----------------------------------------------
   1           /usr/lib/jvm/jre-1.5.0-gcj/bin/java
 + 2           /usr/lib/jvm/jre-1.6.0-openjdk.x86_64/bin/java
*  3           /usr/lib/jvm/jre-1.7.0-openjdk.x86_64/bin/java
$ jenv add /usr/lib/jvm/jre-1.5.0-gcj 
$ jenv add /usr/lib/jvm/jre-1.6.0-openjdk.x86_64
$ jenv add /usr/lib/jvm/jre-1.7.0-openjdk.x86_64

• Bien que géré par des «alternatives», ...
• La condition requise pour Qiime-1.8.0 est la série 1.6.
• 1.7 pour le système

Ajusté

Si vous êtes un 'mac', utilisez'gnu screen 'et utilisez'zsh', vous voulez utiliser ʻanyenv` régulièrement.

python

% cd /etc               
% sudo mv zshenv zshenv.bak 
#% sudo mv zshenv zprofile 

je dois faire

Si vous utilisez'gnu screen'avec'CentOS 'et que vous utilisez'zsh' et que vous souhaitez utiliser ʻanyenv` régulièrement

python

% cd /etc
% sudo mv zshrc zshrc.bak

Peut-être que je dois le faire (non vérifié).

direnv

allez installer

Sans pour autant

python

$ wget -q https://storage.googleapis.com/golang/go1.4.linux-386.tar.gz
$ tar zxf go1.4.linux-amd64.tar.gz 
$ mv go ../bin    #Où vous voulez
$ cd ../bin/go
$ export GOROOT=$PWD
$ cd go/bin
$ export PATH=$PWD:$PATH

Si GOROOT n'est pas défini, direnv provoquera une erreur lors de la compilation.

installation de direnv

python

$ git clone https://github.com/zimbatm/direnv
$ cd direnv
$ make install DESTDIR=/PATH/TO/DIR  #Où vous voulez
$ eval "$(direnv hook bash)"

essayer

python

$ cat /PATH/TO/.envrc
export FOOBAR=foobar
$ cd /PATH/TO
direnv: loading .envrc                                                                                                                                                                                                                    
direnv: export + FOOBAR

Insatisfaction

Changer l'invite avec zsh

.envrc

export PROMPT='Qiime-1.8.0 $'

Je veux faire quelque chose, mais cela n'interprète pas les variables dans l'invite, et c'est misérable quand je passe à /. Est-ce juste mon environnement? Je ne veux pas mettre .envrc dans /,

Opération

Décrivez ce qui suit dans .bashrc

.bashrc

export PATH=${HOME}/.anyenv/bin:$PATH
eval "$(anyenv init -)"
eval "$(direnv hook bash)"

Inutile de dire que le chemin vers ʻanyenv, direnv` est supposé passer.

Au moment de l'installation

Activer et installer explicitement uniquement dans ce shell, comme avec pyenv shell

Les commandes individuelles sont

python

$ ./configure --prefix=${HOME}/.anyenv/envs/pyenv/versions/qiime

Visez l'isolement en

Au fait

Par «pyenv rehash» pour «pyenv», les commandes individuelles (comme le «ghc» installé, qui sera décrit séparément) sont également synchronisées avec «$ {HOME} /. Anyenv / envs / pyenv / shims».

python

$ cat ${PYENV_ROOT}/pyenv/shims/ghc
#!/usr/bin/env bash
set -e
[ -n "$PYENV_DEBUG" ] && set -x

program="${0##*/}"
if [ "$program" = "python" ]; then
  for arg; do
    case "$arg" in
    -c* | -- ) break ;;
    */* )
      if [ -f "$arg" ]; then
        export PYENV_DIR="${arg%/*}"
        break
      fi
      ;;
    esac
  done
fi

export PYENV_ROOT="/PATH/TO/.anyenv/envs/pyenv"
exec "/PATH/TO/.anyenv/envs/pyenv/libexec/pyenv" exec "$program" "$@"
$ which ghc
~/.anyenv/envs/pyenv/shims/ghc
$ ghc --version
The Glorious Glasgow Haskell Compilation System, version 6.8.3
$ pyenv shell 3.3.6
$ ghc --version
pyenv: ghc: command not found

The `ghc' command exists in these Python versions:
  qiime

La même chose était vraie pour «plenv». Que vous l'utilisiez ou non

Lors de l'utilisation de commandes

Utilisation de la fonction de direnv

Par exemple, seul le répertoire dans lequel vous souhaitez utiliser Qiime-1.8.0

python

$ cat /PATH/TO/DIR/.envrc
export PYENV_VERSION=qiime
export JENV_VERSION=1.6.0.33
$ direnv allow

Si tu fais

python

$ pyenv versions
* system (set by PYENV_VERSION environment variable)
  2.7.3
  3.3.6
  qiime
$ jenv versions
* system (set by JENV_VERSION environment variable)
  1.5
  1.5.0
  1.6
  1.6.0.33
  1.7
  1.7.0.71
(Omis)

Mais

python

$ cd /PATH/TO/DIR
direnv: loading .envrc
direnv: export ~JENV_VERSION ~PYENV_VERSION
$ pyenv versions
  system
  2.7.3
  3.3.6
* qiime (set by PYENV_VERSION environment variable)
$ jenv versions
  system
  1.5
  1.5.0
  1.6
* 1.6.0.33 (set by JENV_VERSION environment variable)
  1.7
  1.7.0.71
(Omis)

Basculer vers

Bien sûr, il reste valide dans le répertoire descendant

Les commandes externes sont également commutées correctement. ex) blastall

python

$ which blastall
/home/XXXX/.anyenv/envs/pyenv/shims/blastall
$ blastall | head -2 | tail -1
blastall 2.2.26   arguments:   # /usr/local/Version en bac
$ cd /PATH/TO/DIR
direnv: loading .envrc
direnv: export ~JENV_VERSION ~PYENV_VERSION
$ which blastall
/home/XXXX/.anyenv/envs/pyenv/shims/blastall
$ blastall | head -2 | tail -1
blastall 2.2.22   arguments:   #Version souhaitée
$ cd ../
$ direnv: unloading
$ blastall | head -2 | tail -1
blastall 2.2.26   arguments:

Les autres gens

C'est bien pour un usage personnel, mais il y a des cas où d'autres personnes sur le serveur veulent l'utiliser. Ainsi, même si quelqu'un copie le .bashrc ci-dessus tel quel, ʻanyenv ne fonctionne pas ( direnv fonctionne normalement comme une seule unité). Si cette "autre personne" est à un niveau où il peut personnellement installer et utiliser ʻanyenv ou direnv, eh bien, il s'en chargera, mais sinon.

.bashrc

eval "$(anyenv init -)" 

Au lieu de l'incorporer tel quel, enregistrez le résultat de ʻeval "$ (anyenv init-)" séparément et source dans le fichier .bashrc` de la personne cible.

De cette façon, il se comporte comme prévu.