Comment faire fonctionner IGV en utilisant la communication par socket, et l'histoire de la création d'un Ruby Gem en utilisant cette méthode

introduction

IGV est un logiciel appelé Genome Browser. Vous pouvez parcourir différents fichiers tels que le fichier bam de la lecture alignée, le fichier lit dans lequel les informations de position sur le génome sont annotées et le fichier gff3 dans lequel les informations génétiques sont écrites. De nombreuses personnes impliquées dans la bioinformatique connaissent ce logiciel.

Référentiel Github IGV

• L'image provient de la page d'accueil IGV

Bien qu'il s'agisse d'un tel IGV, il peut prendre un certain temps pour le faire fonctionner en cliquant avec la souris.

• Précisez le génome de référence
• Chargez les fichiers requis
• Regardez autour de vous les endroits auxquels vous faites attention un par un
• Prenez une capture d'écran et enregistrez-la en tant qu'image

C'est amusant de vérifier visuellement les résultats, et je pense que c'est une tâche très importante, mais d'un autre côté, je veux aussi automatiser autant que possible les tâches de routine. Par conséquent, envisagez d'utiliser l'IGV à partir d'un langage de programmation.

• Récemment, il semble que igv.js réalisé avec JavaScript a été activement développé et largement utilisé. .. Ceci n'est pas couvert dans cet article en raison d'une recherche insuffisante. (Mais j'aimerais finalement faire un article sur Qiita.)

Faites fonctionner l'IGV en utilisant la communication par socket

En fait, IGV peut être exploité à partir du port 60151 en utilisant la communication par socket.

Il y a un onglet appelé avancé dans Affichage> Préférences dans la barre de menus. Si Activer le port n'est pas coché, cochez ici.

Vous pourrez alors utiliser le port 60151 pour diriger l'IGV en utilisant la communication par socket.

Liste des commandes pouvant être utilisées pour faire fonctionner IGV

J'ai traduit la référence officielle en japonais en utilisant la traduction DeepL.

• Controlling IGV through a Port

Manipuler IGV à partir du langage de programmation

Java

Comme IGV est un logiciel développé en Java, des exemples officiels sont également écrits en Java.

  Socket socket = new Socket("127.0.0.1", 60151);
  PrintWriter out = new PrintWriter(socket.getOutputStream(), true);
  BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(socket.getInputStream()));

  out.println("load na12788.bam,n12788.tdf");
  String response = in.readLine();
  System.out.println(response);

  out.println("genome hg18");
  response = in.readLine();
  System.out.println(response);

  out.println("goto chr1:65,827,301");
  //out.println("goto chr1:65,839,697");
  response = in.readLine();
  System.out.println(response);

  out.println("snapshotDirectory /screenshots");
  response = in.readLine();
  System.out.println(response);

  out.println("snapshot");
  response = in.readLine();
  System.out.println(response);

R

Maintenant, qu'en est-il des langages de programmation autres que Java? Si vous utilisez R, je ne suis pas très familier avec celui-ci, mais vous pouvez l'utiliser car une bibliothèque pour faire fonctionner IGV sera fournie à partir du bioconducteur. Une petite recherche va frapper le logiciel igvR. Cela semble utiliser igv.js, donc il peut ne pas faire fonctionner automatiquement l'IGV sur le bureau ...

Python

C'est un script un peu ancien, mais igv.py créé par Brent Pedersen, qui a récemment développé énergiquement des outils bioinformatiques utilisant le langage Nim. -Il existe un outil appelé terrain de jeu / blob / master / igv / igv.py). Il s'agit d'une petite bibliothèque qui encapsule la communication de socket ci-dessus.

Ruby

J'aime Ruby. ** Nani Nani? Y a-t-il peu d'outils? Ensuite, vous pouvez le fabriquer vous-même! ** Donc, en me référant au script de Brent Pedersen ci-dessus, j'ai créé un outil appelé ruby-igv qui peut faire fonctionner IGV à partir du langage Ruby. Maintenant, vous pouvez facilement utiliser IGV à partir du langage Ruby.

https://github.com/kojix2/ruby-igv

L'utilisation est comme ça.

igv = IGV.new

igv.load 'na12788.bam'
igv.genome 'hg18'
igv.go 'goto chr1:65,827,301'
igv.save 'image.png'

C'est toujours un outil fraîchement fabriqué. Si vous rencontrez des problèmes, des bogues ou des demandes, veuillez les signaler à issue sur Github. Bien entendu, les pull requests sont également les bienvenues.

en conclusion

Non limité à la bioinformatique, l'attention tend à se concentrer sur la manière de combiner les outils existants pour atteindre l'objectif et la maîtrise des outils. Et lorsque vous créez un outil, vous pouvez penser que le but et les moyens sont inversés. Mais dans un sens, je pense que c'est une façon de penser très égoïste et bornée. Plus il y a de gens qui créent et publient plus d'outils, plus le monde sera pratique, en expansion et prospère. Créons et publions des outils plus librement. (Parce que ça ne doit pas être Ruby)