Obtenez la table de correspondance du nom OTU et de sa lignée (porte, famille, genre, etc.) avec QIIME2

J'ai écrit la méthode d'acquisition des données de comptage OTU dans Article précédent, mais dans de nombreux cas autres que l'analyse de la diversité, etc., elle est basée sur ce système. Je pense que nous allons discuter des données.

Donc, cette fois, j'écrirai sur la façon d'obtenir la table de correspondance d'OTU et de son système en utilisant QIIME2.

Cela dit, honnêtement, ce n'est pas du tout difficile pour ceux qui ont touché QIIME2 une seule fois. Personnellement, j'ai écrit cet article pour citer cet article lors de la publication de diverses analyses utilisant des noms de souches à l'avenir.

Ouvrez taxonomy.qzv sur QIIME2 (voir dans le navigateur) selon les tutoriels officiels (https://docs.qiime2.org/2020.6/tutorials/moving-pictures/).

QIIME2

qiime tools view taxonomy.qzv

Cette fois, pour une brève explication, [ce lien](https://view.qiime2.org/?src=https%3A%2F%2Fdocs.qiime2.org%2F2020.6%2Fdata%2Ftutorials%2Fmoving-pictures % 2Ftaxonomy.qzv) afin que l'exemple de données taxonomy.qzv puisse être transféré à l'emplacement affiché dans le navigateur.

La première colonne est l'ID OTU, la deuxième colonne est le nom du système et la troisième colonne est la fiabilité. avec-affectations-de-taxons / 179)).

Appuyez sur "Télécharger le fichier TSV de métadonnées" en haut à gauche pour télécharger la table de correspondance au format .tsv (fichier texte).