Comment utiliser PubChem avec Python

introduction

PubChem est une base de données de composés typique. Ici, nous expliquerons comment rechercher des données PubChem en Python.

Rechercher l'ID et le nom du composé

Si vous souhaitez effectuer une recherche par nom composé et obtenir le nom CID ou IUPAC de l'enregistrement obtenu comme résultat de la recherche, vous pouvez utiliser la méthode get_compounds.

import pubchempy as pcp


glycine_pubchem = pcp.get_compounds('glycine', 'name')
result = {}

for record in glycine_pubchem:
    result[record.cid] = record.iupac_name

print(result)

Dans l'exemple ci-dessus, le CID est stocké dans la clé du dictionnaire "result" et le nom IUPA est stocké comme valeur.

Acquérir des valeurs de propriétés physiques et des informations structurelles

Si vous souhaitez obtenir des informations telles que le poids moléculaire et les SMILES canoniques, vous pouvez utiliser la méthode get_properties.

import pubchempy as pcp


target_properties = ['MolecularFormula', 'MolecularWeight', 'CanonicalSMILES']
result = pcp.get_prpperties(target_properties, 'glycine', 'name')

print(result)

Dans l'exemple ci-dessus, les informations de propriété physique que vous souhaitez obtenir sont transmises à la méthode get_properties sous forme de liste.

Résumé

Ici, j'ai expliqué comment accéder aux données PubChem avec Python. Avec PubChemPy, vous pouvez facilement utiliser les informations stockées dans PubChem. C'est un outil essentiel pour la chimioinfomatique, alors assurez-vous de l'avoir prêt à l'emploi.

Documents de référence / liens

Comment la chimioinfomatique peut-elle aider les entreprises pharmaceutiques? De quel type de connaissances avez-vous besoin?

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