Résolution du problème selon lequel l'image n'était pas affichée dans ROMol lors du chargement avec PandasTools.LoadSDF.
--jupyter-J'utilise un ordinateur portable
- J'ai réussi à me débarrasser de l'image non affichée dans ROMol lors du chargement de données SDF contenant plusieurs composés avec RDKit avec PandasTools.LoadSDF.
――Mon environnement est le suivant
- MacOSX 10.15.2 Catalina
- L'environnement RDKit a été construit avec Anaconda en se référant à ce qui suit.
- Comment installer - RDKit_unofficial_translation_JP 1.00 Document
--Utilisation de Python 3.7.5 depuis anaconda 3-5.3.1
- rdkit version: 2019.09.2
- pandas version: 0.25.3
Je pratiquais RDKit en référence au site suivant
Introduction à ChemoInformatics avec RDKit | Nouvelle forme de chimie
Lorsque je lis le fichier SDF au format DataFrame des pandas à Lecture de plusieurs molécules et que je l'affiche, l'image est affichée à ROMol. Au lieu de cela, c'était une colonne comme <img data-content =" rdkit / molecule "src =" data: i ... ) (image ci-dessous)
Selon le problème ci-dessous, il semble que cela se produise avec les versions supérieures à pandas 0.25.0
Bien sûr, dans mon cas, la version des pandas était de 0.25.3
import pandas as pd
print('pandas version: ', pd.__version__)
#=> pandas version: 0.25.3
La solution était de revenir à la version de pandas en 0.25.0, C'était ennuyeux alors j'ai cherché une autre façon
Certaines parties sont plus pratiques à afficher sous forme d'images, donc si vous suivez le problème ou si vous le recherchez J'étais censé utiliser une bibliothèque HTML
https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2673#issuecomment-570898398
Molecules not rendered in Pandas DF in Jupyter Lab · Issue #2825 · rdkit/rdkit
Je l'ai essayé comme suit (en supposant que le fichier sdf a été téléchargé et que la bibliothèque a été importée)
df = PandasTools.LoadSDF('./sdf/somesdffile.sdf')
from IPython.display import HTML
HTML(df.to_html())
Succès si l'image sort correctement
Pour le moment, quand il est plus facile de comprendre s'il y a une image, elle sortira correctement si vous faites cela