Installez jpndistrict sur CentOS 7
jpndistrict est un package R pratique pour tracer les districts administratifs japonais. On m'a dit que ce serait pratique, j'ai donc décidé de l'utiliser, mais c'était assez difficile à installer. En fin de compte, l'installation a réussi et j'ai réalisé que c'était un outil utile, je vais donc écrire un article afin que je puisse aider à l'installation lorsque je le recommande à d'autres.
L'utilisation de jpndistrict lui-même n'est pas expliquée. Veuillez consulter la page officielle pour plus de détails.
environnement
CentOS 7 R version 3.6.0
Installation
Tout d'abord, essayez simplement d'installer jpndistrict sur R. S'il ne s'agit pas de CentOS 7 tel qu'ubuntu, cela fonctionnera probablement (décrit plus loin).
install.packages("jpndistrict")
Si vous obtenez l'erreur suivante lors de l'installation, installez le package demandé et réessayez.
configure: error:
--------------------------------------------------------------------------------
Configuration failed because libudunits2.so was not found. Try installing:
* deb: libudunits2-dev (Debian, Ubuntu, ...)
* rpm: udunits2-devel (Fedora, EPEL, ...)
* brew: udunits (OSX)
If udunits2 is already installed in a non-standard location, use:
--configure-args='--with-udunits2-lib=/usr/local/lib'
if the library was not found, and/or:
--configure-args='--with-udunits2-include=/usr/include/udunits2'
if the header was not found, replacing paths with appropriate values.
You can alternatively set UDUNITS2_INCLUDE and UDUNITS2_LIBS manually.
--------------------------------------------------------------------------------
Comme mon système d'exploitation est CentOS 7, installez udunits2-devel et réessayez. Mais cela a échoué.
Pourquoi CentOS 7 ne fonctionne pas
install.packages("jpndistrict")
(Omis)
* installing *source* package ‘sf’ ...
**Le package "sf" a bien été décompressé et le pouce MD5 vérifié
** using staged installation
configure: CC: gcc -m64 -std=gnu99
configure: CXX: g++ -m64 -std=gnu++11
checking for gdal-config... no
configure: error: gdal-config not found or not executable.
ERROR: configuration failed for package ‘sf’
checking for gdal-config... no
On m'a dit que j'avais installé GDAL en me référant à here, mais
configure: GDAL: 1.11.4
checking GDAL version >= 2.0.1... no
configure: error: sf is not compatible with GDAL versions below 2.0.1
ERROR: configuration failed for package ‘sf’
On m'a dit que la version de GDAL est ancienne.
yum info gdal
Nom: gdal
architecture: x86_64
version: 1.11.4
Libération: 3.el7
capacité: 276 k
Dépôt: epel/x86_64
emballer: GIS file format library
URL : http://www.gdal.org
Licence: MIT
Explication: Geospatial Data Abstraction Library (GDAL/OGR) is a cross
: platform C++ translator library for raster and vector
: geospatial data formats. As a library, it presents a single
: abstract data model to the calling application for all
: supported formats. It also comes with a variety of useful
: commandline utilities for data translation and processing.
:
: It provides the primary data access engine for many
: applications. GDAL/OGR is the most widely used geospatial data
: access library.
La dernière version qui peut être installée avec yum (en utilisant le référentiel EPEL) est la 1.11.4
apt info gdal-bin
Package: gdal-bin
Version: 3.0.4+dfsg-1build3
Priority: optional
Section: universe/science
Source: gdal
Origin: Ubuntu
Maintainer: Ubuntu Developers <[email protected]>
Original-Maintainer: Debian GIS Project <[email protected]>
Bugs: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+filebug
Installed-Size: 1369 kB
Depends: python3-gdal (= 3.0.4+dfsg-1build3), python3-numpy (>= 1:1.16.0~rc1), python3-numpy-abi9, python3:any, libc6 (>= 2.15), libgcc-s1 (>= 3.0), libgdal26 (>= 3.0.0), libstdc++6 (>= 5.2)
Suggests: libgdal-grass
Breaks: gdal-bin (<< 1.10.0-0~), python-gdal (<< 2.4.3~)
Replaces: python-gdal (<< 2.4.3~)
Homepage: http://www.gdal.org/
Download-Size: 256 kB
APT-Sources: http://archive.ubuntu.com/ubuntu focal/universe amd64 Packages
Description: Geospatial Data Abstraction Library - Utility programs
Le GDAL qui peut être installé avec apt (ubuntu) était la 3.0.4.
Donc, si la version du package enregistrée dans le référentiel est une ancienne CentOS 7, Si vous souhaitez installer jpndistrict (package sf requis par) ** Vous devez construire à partir des sources et installer GDAL sans utiliser yum **. De plus, si vous installez PROJ, qui est nécessaire pour exécuter GDAL, à partir de yum, la version est ancienne.
yum info proj
Nom: proj
architecture: x86_64
version: 4.8.0
Libération: 4.el7
capacité: 181 k
Dépôt: epel/x86_64
emballer: Cartographic projection software (PROJ.4)
URL : http://proj.osgeo.org
Licence: MIT
Explication: Proj and invproj perform respective forward and inverse
: transformation of cartographic data to or from cartesian data
: with a wide range of selectable projection functions.
4.8.0 peut être installé avec yum Maintenant, vous avez besoin de 6.0.0 ou supérieur
Bref, il faut installer "** PROJ " pour installer " GDAL " pour installer " sf " pour installer " jpndistrict **" .. Déprimé.
Quelle version doit être incluse
Au moins la version requise GDAL >= 2.0.1 PROJ >= 6.0.0 GEOS >= 3.4.0
La dernière version qui peut être installée avec yum GDAL : 1.11.4 PROJ : 4.8.0 GEOS : 3.4.2
Après avoir essayé diverses choses, lors de l'installation de sf sur CentOS 7
Cela a bien fonctionné si je l'ai installé en premier.
** GDAL ** inclut la dernière version au moment de la création de l'article (2020/11/18).
Lorsque ** PROJ ** a essayé d'installer la dernière version 7.2.0, il était nécessaire de mettre à niveau SQLite3 en plus, et cela ferait partie du système de yum, alors j'ai renoncé à penser que c'était un risque élevé. Cependant, même si j'ai installé 6.0.0, qui est la version la plus ancienne disponible et ne nécessite pas de mise à niveau de SQLite, l'installation ultérieure de l'outil a probablement échoué car les versions de GDAL et PROJ étaient trop éloignées. Après avoir essayé différentes versions, l'installation a réussi avec 6.1.1. référence [Comment mettre à jour SQLite3] https://qiita.com/kai_kou/items/c18b68a7916251231f6d Le lien est pour Amazon Linux 2, mais j'ai entendu dire que la base du système d'exploitation est comme RHEL 7 / CentOS 7, donc c'est utile. Je l'ai fait.
** GEOS ** semble convenir avec une version qui peut être installée avec yum, mais je pensais que ce serait un problème si la version était trop éloignée de GDAL comme PROJ et qu'une erreur se produisait, j'ai donc installé la dernière version.
Installation (pour CentOS 7)
Installer dans l'ordre PROJ → GEOS → GDAL
Pour installer les deux, décompressez le fichier téléchargé et
./configure
make
make install
L'installation réussit si les trois commandes ci-dessus sont passées
Après l'installation, démarrez R
install.packages("jpndistrict")
Tapez jpndistrict pour installer (sf est également installé).
Chargez le package,
library("jpndistrict")
This package provide map data is based on the Digital Map 25000 (Map
Image) published by Geospatial Information Authority of Japan (Approval
No.603FY2017 information usage <https://www.gsi.go.jp>)
S'il apparaît, l'installation est réussie.
Erreur qui apparaît (si elle n'apparaît pas, vous pouvez l'ignorer)
sqlite3 introuvable
Se produit lors de la configuration de PROJ
checking for SQLITE3... configure: error: Package requirements (sqlite3 >= 3.7) were not met:
No package 'sqlite3' found
Je l'ai confirmé, mais c'est là
sqlite3 --version
3.7.17
Solution: installez sqlite-devel
yum install sqlite-devel
pcs.csv ne peut pas être lu
Se produit pendant l'installation de sf
checking GDAL: /usr/local/share/gdal/pcs.csv readable... no
J'ai vérifié l'emplacement du chemin, mais pcs.csv n'existait pas.
Solution: recherchez sur le net et installez sous "/ usr / local / share / gdal /" https://trac.osgeo.org/gdal/browser/trunk/gdal/data/pcs.csv
PROJ non disponible
Se produit pendant l'installation de sf
checking GDAL: checking whether PROJ is available fur running:... ./gdal_proj: error while loading shared libraries: libgdal.so.28: cannot open shared object file: No such file or directory
no
configure: error: OGRCoordinateTransformation() does not return a coord.trans: PROJ not available?
ERROR: configuration failed for package ‘sf’
Solution: quittez R puis accédez à /etc/ld.so.conf.d/libgdal-x86_64.conf
/usr/local/lib
Ajout (Si libgdal-x86_64.conf n'existe pas, créez-en un nouveau et écrivez le contenu ci-dessus).
ensuite,
ldconfig
Après l'exécution, démarrez R et réessayez l'installation.
Référence https://stackoverflow.com/questions/46181614/install-r-sf-package-on-centos-gdal-shared-libary-error
Après l'installation
jpn_pref(14)
Quand tu frappes
ERROR while rich displaying an object: Error in loadNamespace(name): there is no package called ‘geojsonio’
Si vous obtenez l'erreur, installez geojsonio.
install.packages("geojsonio")
Si aucune erreur ne se produit, l'environnement d'utilisation de jpndistrict est terminé.
À titre de test de fonctionnement, affichons l'emplacement du bureau du gouvernement à Hokkaido.
pref01 = jpn_pref(admin_name = "Hokkaido") # Hokkaidoの地形データ
df_office01 = jpn_admins(1) #Emplacement du bureau du gouvernement d'Hokkaido
#Créer une toile
ggplot() +
#Dessiner un terrain
geom_sf(data = pref01, aes(fill = city)) +
#Points de tracé
geom_sf(data = df_office01, color = "white", size=0.8) +
theme(legend.position = 'none')
La visualisation des coordonnées a permis de prédire les montagnes à partir de l'emplacement du bureau du gouvernement, ce qui était un résultat intéressant.
en conclusion
Les vieux paquets qui peuvent être installés avec yum m'ont fait foirer. Cela fait un an que CentOS 8 est sorti, et il est peut-être temps de mettre à niveau.
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