Afin de réaliser l'analyse du génome, il est nécessaire d'installer un grand nombre de logiciels composant le pipeline d'analyse. Cependant, le serveur qui gère les informations personnelles appelées le génome est généralement isolé d'Internet pour des raisons de sécurité. Par conséquent, une fois le pipeline d'analyse construit, le système d'exploitation et le logiciel ne seront pas mis à jour pour le moment. En raison de diverses circonstances, il est devenu nécessaire d'ajouter l'analyse écrite en R au pipeline uniquement avec des privilèges d'utilisateur, mais l'installation du package R reposait sur l'environnement réseau et n'était pas simple. Par conséquent, j'ai décidé de ne pas mettre à jour les anciennes versions Linux et R dans l'environnement hors ligne, mais de laisser un moyen d'installer les packages nécessaires avec la version appropriée.
Environnement en ligne: --Héberger MacOS 10.15.7
Je pense que tout logiciel capable de créer un environnement virtuel peut être spécifié, mais cette fois j'utilise Parallels. Tout d'abord, allez sur http://mirror.nsc.liu.se/centos-store/ et suivez la structure de répertoires de la version souhaitée (6.4) → isos → x86_64. Étant donné que la configuration de l'environnement réseau est gênante avec la configuration minimale CentOS-6.4-x86_64-minimal.iso, téléchargez CentOS-6.4-x86_64-bin-DVD1.iso et installez la version Desktop. Le téléchargement n'était que de 300 kbps et a pris environ 4 heures. Si vous sélectionnez l'installation standard à l'aide du fichier image téléchargé et que vous continuez, l'interface graphique peut être spécifiée en 10 minutes environ. Lorsqu'une connexion réseau est établie, une adresse IP est automatiquement attribuée (ex. 10.211.55.XX). Après cela, connectez-vous avec ssh depuis l'hôte et travaillez sur le terminal. Connectez-vous en tant que root une fois et accordez l'autorité sudo. De plus, comme l'interface graphique n'est pas requise, démarrez-la avec CUI. Définissez le proxy comme il convient. http://mzgkworks.com/post/linux-su-sudo/ https://qiita.com/Esfahan/items/a159753d156d23baf180 http://blog.doli.jp/blog/2012/post526/ https://qiita.com/hirohiro77/items/cdf6d8baa619c0e0e82d https://kitamix.net/archives/set-proxy-when-rstudio-started/1049
Téléchargez la version souhaitée du fichier tar.gz à partir du site Web du CRAN ci-dessous. https://cran.r-project.org/src/base/
wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.1.tar.gz
Enregistrez-le dans un répertoire approprié (~ / etc.) et compilez-le. Une erreur se produira liée à bzip2, veuillez donc vous référer à ce qui suit. https://www.21064.com/2018/11/07/rhel7-r-3-3-1-install/ http://pentan.info/server/linux/zlib.html https://noknow.info/it/os/install_bzip2_from_source?lang=ja https://qiita.com/kuchida1981/items/d028940ade41096490de http://note.kurodigi.com/sudo-path/ https://stats.biopapyrus.jp/r/devel/r-install.html
tar zxvf R-3.4.1.tar.gz
cd R-3.4.1
sudo yum groupinstall "Development Tools"
sudo yum install ncurses-devel zlib-devel texinfo gtk+-devel gtk2-devel qt-devel tcl-devel tk-devel kernel-headers kernel-devel readline-devel
sudo yum install bzip2-devel
wget http://zlib.net/fossils/zlib-1.2.5.1.tar.gz
sudo tar zxvf zlib-1.2.5.1.tar.gz
cd zlib-1.2.5.1
make clean
sudo CFLAGS='-mstackrealign -fPIC -O3' ./configure
sudo make
sudo make install
cd ~
sudo yum install openssl-devel
wget https://sourceware.org/pub/bzip2/bzip2-1.0.6.tar.gz --no-check-certificate
sudo tar xvfz bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
sudo make clean
sudo make
sudo make install
export PATH=$PATH:/usr/local/bin/bzip2
vi ~/.bash_profile # export PATH=$PATH:/usr/local/bin/Ajout de bzip2
su -
visudo # Defaults env_keep += "PATH"Postscript
# Defaults env_réinitialiser le commentaire
#Defaults secure_path=Commenter
cd ~
wget https://tukaani.org/xz/xz-5.2.4.tar.gz --no-check-certificate
sudo tar xzvf xz-5.2.4.tar.gz
sudo ./configure --prefix=/home/$USER/local
sudo make
sudo make install PREFIX=/home/$USER/local
cd ~
wget https://ftp.pcre.org/pub/pcre/pcre-8.42.tar.gz --no-check-certificate
sudo tar xzvf pcre-8.42.tar.gz
cd pcre-8.42
sudo ./configure --prefix=/home/$USER/local --enable-utf8
sudo make
sudo make install
cd ~
wget https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gz --no-check-certificate
sudo tar xzvf curl-7.61.0.tar.gz
cd curl-7.61.0
sudo ./configure --enable-libcurl-option
sudo make
sudo make install
LIBCURL_LOCAL_DIR="/home/[user name]/local/bin/curl"
export PATH=$LIBCURL_LOCAL_DIR/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LIBCURL_LOCAL_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LIBCURL_CFLAGS=-I$LIBCURL_LOCAL_DIR/include
export LIBCURL_LIBS=-L$LIBCURL_LOCAL_DIR/lib
export CPPFLAGS="-I/home/[user name]/local/include" # ~/.Ajouté à bashrc
export LDFLAGS="-L/home/[user name]/local/lib" # ~/.Ajouté à bashrc
cd ~/R-3.4.1
./configure
sudo make
sudo make install
sudo yum install libxml2-devel
sudo yum install openssl-devel
Le package que je souhaite utiliser cette fois est un package sur mon propre github, et j'utilise le package enregistré dans CRAN et Bioconductor. https://github.com/MANO-B/MicroSEC Tout d'abord, installez le package dépendant.
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)){
install.packages("BiocManager")
}
install.packages(c('tidyr', 'openxlsx', 'data.table', 'R.utils', 'stringr', 'magrittr', 'dplyr', 'gtools', 'devtools'), dependencies = TRUE)
BiocManager::install(c("Rsamtools", "Biostrings", "GenomicAlignments", "GenomeInfoDb"), update=FALSE)
# install necessary genomes
BiocManager::install("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38", update=FALSE)
BiocManager::install("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", update=FALSE)
BiocManager::install("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10", update=FALSE)
Si vous ne pouvez pas l'installer correctement en raison de la version du compilateur, installez-le à partir de github.
devtools::install_github(”tidyverse/tidyr", ref="v1.1.0")
Enfin, installez le package cible et vérifiez l'opération le cas échéant.
devtools::install_github("MANO-B/MicroSEC", upgrade="never")
library(MicroSEC)
fun_zero(4, 2)
Après cela, copiez le package dans l'environnement hors ligne et terminez.
cd ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library
scp -r 3.4 XXX.XXX.XXX.XXX:~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/
Vérifiez le fonctionnement.
$ R
> library(MicroSEC)
> fun_zero(4, 2)
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