Ceci est un mémo lorsque Le cerveau virtuel est installé sur ubuntu 18.04.

Motivation

Il existe un simulateur appelé The Virtual Brain qui vise à créer une base commune pour les modèles mathématiques de l'activité cérébrale au niveau mésoscopique tels que les ondes cérébrales. Il est possible de construire un modèle mathématique du cerveau qui reflète les données anatomiques et cliniques dans la structure, et de générer des ondes cérébrales virtuelles et des données IRMf. En bref, un simulateur d'un système d'oscillateur non linéaire couplé avec une matrice de couplage qui reflète la structure réelle du cerveau. Il existe un modèle basé sur la région et un modèle basé sur la surface, et le modèle basé sur la région fonctionne au niveau du PC, je voudrais donc l'installer et l'essayer.

environnement

Ubuntu 18.04 (desktop)

Je ne connais pas Docker, je vais donc utiliser une machine virtuelle cette fois.

Je souhaite l'utiliser comme serveur depuis une autre machine.
Cela dépend si ce sera une interface Web ou si elle sera exécutée à l'aide d'un script, mais pour le moment, je vais essayer de l'utiliser à partir du Web.

official web site https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei

Environnement recommandé

https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei/brainsimulator-requirements Extrait

1 1 cœur de processeur est requis pour la simulation.
8 Go ou plus de mémoire suffisent pour une simulation au niveau de la région. Au moins 16 Go ou plus pour des simulations plus complexes.
La simulation au niveau de la surface nécessite plus de mémoire
300 Mo d'espace disque sont requis pour la simulation de 10 ms au niveau de la surface. Une directive est de 50 Go par utilisateur.
Lors de l'utilisation d'un PC, une carte graphique compatible WebGL est requise.

Télécharger

https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei/brainsimulator-software Téléchargez la dernière version 1.5.8 à partir de novembre 2019. Téléchargez la version Linux 1,2 Go à droite.

Installer et lancer

$ unzip TVB_Linux_1.5.8.zip

$ cd TVB_Distribution/

Pour utiliser l'interface GUI de l'application Web exploitée à partir d'un navigateur Web, exécutez le script tvb_start.sh``` dans le `` bin '' du répertoire décompressé.

$ cd TVB_Distribution/bin
$ ./tvb_start.sh

Quand terminer

$ ./tvb_stop.sh

configuring

Si vous attendez un moment au premier démarrage, le navigateur s'ouvrira et l'écran de réglage initial apparaîtra, alors enregistrez le nom d'utilisateur, le mot de passe, l'adresse e-mail de l'administrateur, etc. Si matlab ou octave peut être utilisé, spécifiez le chemin. D'autres sont les valeurs par défaut pour le moment.

Écran de connexion

L'écran de connexion s'affiche. Il semble qu'il soit accessible depuis le navigateur d'autres machines. C'est tout pour le moment.

Données de démonstration

Certaines des données de démonstration sont incluses dans le package d'installation, mais il semble y avoir plus de données sur Github. https://github.com/the-virtual-brain/tvb-data

TODO

Est-il pratique de créer un utilisateur dédié et de partir de là pour l'utiliser dans un environnement multi-utilisateurs?

Installez le cerveau virtuel