Installez le cerveau virtuel

Ceci est un mémo lorsque Le cerveau virtuel est installé sur ubuntu 18.04.

Motivation

Il existe un simulateur appelé The Virtual Brain qui vise à créer une base commune pour les modèles mathématiques de l'activité cérébrale au niveau mésoscopique tels que les ondes cérébrales. Il est possible de construire un modèle mathématique du cerveau qui reflète les données anatomiques et cliniques dans la structure, et de générer des ondes cérébrales virtuelles et des données IRMf. En bref, un simulateur d'un système d'oscillateur non linéaire couplé avec une matrice de couplage qui reflète la structure réelle du cerveau. Il existe un modèle basé sur la région et un modèle basé sur la surface, et le modèle basé sur la région fonctionne au niveau du PC, je voudrais donc l'installer et l'essayer.

environnement

Je ne connais pas Docker, je vais donc utiliser une machine virtuelle cette fois.

official web site https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei

VirtualBox_tvb1_06_11_2019_12_52_23.png

Environnement recommandé

https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei/brainsimulator-requirements Extrait

Télécharger

https://www.thevirtualbrain.org/tvb/zwei/brainsimulator-software Téléchargez la dernière version 1.5.8 à partir de novembre 2019. Téléchargez la version Linux 1,2 Go à droite.

VirtualBox_tvb1_06_11_2019_12_56_21.png

Installer et lancer

$ unzip TVB_Linux_1.5.8.zip 
$ cd TVB_Distribution/

Pour utiliser l'interface GUI de l'application Web exploitée à partir d'un navigateur Web, exécutez le script tvb_start.sh``` dans le `` bin '' du répertoire décompressé.

$ cd TVB_Distribution/bin
$ ./tvb_start.sh

Quand terminer

$ ./tvb_stop.sh

configuring

Si vous attendez un moment au premier démarrage, le navigateur s'ouvrira et l'écran de réglage initial apparaîtra, alors enregistrez le nom d'utilisateur, le mot de passe, l'adresse e-mail de l'administrateur, etc. Si matlab ou octave peut être utilisé, spécifiez le chemin. D'autres sont les valeurs par défaut pour le moment.

Écran de connexion

L'écran de connexion s'affiche. Il semble qu'il soit accessible depuis le navigateur d'autres machines. C'est tout pour le moment.

login.png

Données de démonstration

Certaines des données de démonstration sont incluses dans le package d'installation, mais il semble y avoir plus de données sur Github. https://github.com/the-virtual-brain/tvb-data

TODO

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