Wie man IGV mit Socket-Kommunikation bedient und wie man einen Ruby Gem mit dieser Methode herstellt

Einführung

IGV ist eine Software namens Genome Browser. Sie können verschiedene Dateien durchsuchen, z. B. die BAM-Datei des ausgerichteten Lesevorgangs, die Bettdatei, in der die Positionsinformationen zum Genom kommentiert sind, und die GFF3-Datei, in der die genetischen Informationen geschrieben sind. Wenn Sie sich mit Bioinformatik befasst haben, kennen Sie diese Software wahrscheinlich.

Github IGV Repository

• Das Bild stammt von IGV-Homepage

Obwohl es sich um ein solches IGV handelt, kann es einige Zeit dauern, es zu bedienen, während Sie mit der Maus klicken.

• Geben Sie das Referenzgenom an
• Laden Sie die erforderlichen Dateien
• Schauen Sie sich nacheinander an den Orten um, auf die Sie achten
• Machen Sie einen Screenshot und speichern Sie ihn als Bild

Es macht Spaß, die Ergebnisse visuell zu überprüfen, und ich denke, es ist eine sehr wichtige Aufgabe, aber andererseits möchte ich auch Routineaufgaben so weit wie möglich automatisieren. Erwägen Sie daher, das IGV über eine Programmiersprache zu betreiben.

• In letzter Zeit scheint igv.js, das mit JavaScript erstellt wurde, aktiv entwickelt und weit verbreitet worden zu sein. .. Dies wird in diesem Artikel aufgrund unzureichender Forschung nicht behandelt. (Aber irgendwann möchte ich einen Qiita-Artikel machen.)

Betreiben Sie IGV über Socket-Kommunikation

Tatsächlich kann IGV über die Socket-Kommunikation von Port 60151 aus betrieben werden.

In der Menüleiste befindet sich unter Ansicht> Einstellungen eine Registerkarte mit dem Namen Erweitert. Wenn Port aktivieren nicht aktiviert ist, überprüfen Sie hier.

Sie können dann Port 60151 verwenden, um das IGV mithilfe der Socket-Kommunikation zu steuern.

Liste der Befehle, mit denen IGV betrieben werden kann

Ich habe die offizielle Referenz mit DeepL-Übersetzung ins Japanische übersetzt.

• Controlling IGV through a Port

Manipulieren Sie IGV über die Programmiersprache

Java

Da IGV eine in Java entwickelte Software ist, werden offizielle Beispiele auch in Java geschrieben.

  Socket socket = new Socket("127.0.0.1", 60151);
  PrintWriter out = new PrintWriter(socket.getOutputStream(), true);
  BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(socket.getInputStream()));

  out.println("load na12788.bam,n12788.tdf");
  String response = in.readLine();
  System.out.println(response);

  out.println("genome hg18");
  response = in.readLine();
  System.out.println(response);

  out.println("goto chr1:65,827,301");
  //out.println("goto chr1:65,839,697");
  response = in.readLine();
  System.out.println(response);

  out.println("snapshotDirectory /screenshots");
  response = in.readLine();
  System.out.println(response);

  out.println("snapshot");
  response = in.readLine();
  System.out.println(response);

R

Was ist nun mit anderen Programmiersprachen als Java? Wenn Sie R verwenden, bin ich nicht sehr vertraut damit, aber Sie sollten es verwenden, da eine Bibliothek für den Betrieb von IGV aus der Umgebung von Bioconductor bereitgestellt wird. Eine kleine Suche trifft die Software igvR. Dies scheint igv.js zu verwenden, sodass das IGV möglicherweise nicht automatisch auf dem Desktop betrieben wird ...

Python

Es ist ein etwas altes Skript, aber igv.py wurde von Brent Pedersen erstellt, der kürzlich energisch Bioinformatik-Tools mit der Nim-Sprache entwickelt hat. -Es gibt ein Tool namens playground / blob / master / igv / igv.py). Dies ist eine kleine Bibliothek, die die Socket-Kommunikation oben umschließt.

Ruby

Ich mag Ruby. ** Nani Nani? Gibt es nur wenige Werkzeuge? Dann kannst du es selbst machen! ** Unter Bezugnahme auf das obige Skript von Brent Pedersen habe ich ein Tool namens ruby-igv erstellt, mit dem IGV in der Ruby-Sprache ausgeführt werden kann. Jetzt können Sie IGV problemlos über die Ruby-Sprache bedienen.

https://github.com/kojix2/ruby-igv

Die Verwendung ist wie folgt.

igv = IGV.new

igv.load 'na12788.bam'
igv.genome 'hg18'
igv.go 'goto chr1:65,827,301'
igv.save 'image.png'

Es ist immer noch ein frisch gemachtes Werkzeug. Wenn Sie auf Ecken und Kanten stoßen, Fehler finden oder Anfragen finden, melden Sie diese bitte an issue auf Github. Pull-Anfragen sind natürlich auch willkommen.

abschließend

Die Aufmerksamkeit beschränkt sich nicht nur auf die Bioinformatik, sondern auch darauf, wie vorhandene Tools kombiniert werden können, um den Zweck zu erreichen, und wie die Tools beherrscht werden. Und wenn Sie ein Werkzeug herstellen, denken Sie möglicherweise, dass Zweck und Mittel umgekehrt sind. Aber in gewissem Sinne denke ich, dass es eine sehr egoistische und engstirnige Denkweise ist. Je mehr Menschen mehr Tools erstellen und veröffentlichen, desto bequemer, expandierender und erfolgreicher wird die Welt. Lassen Sie uns Tools freier erstellen und veröffentlichen. (Weil es nicht Ruby sein muss)