introduction

Avec RDKit, je voudrais définir un modèle de réaction avec SMARTS et générer un produit à partir du réactif basé sur ce modèle.

environnement

Windows 10
RDkit 2019.03.3.0

Méthode

Veuillez vous référer aux références.

Réaction que j'ai essayé cette fois

Cette fois, je voudrais essayer la réaction d'hydroxylation des atomes de carbone. Le modèle SMARTS est le suivant.

[C:1]>>[C:1][OH]

Les composés suivants ont été essayés comme produit de réaction.

La source

La source est la suivante. J'ai essayé de sortir tous les produits produits par la réaction à une image.

from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from io import BytesIO
from cairosvg import svg2png
from IPython.display import SVG
from rdkit import Chem

#Sortie d'image
def generate_image(mol, size, path, name):

    image_data = BytesIO()
    view = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(size[0], size[1])
    tm = rdMolDraw2D.PrepareMolForDrawing(mol)

    view.DrawMolecule(tm)
    view.FinishDrawing()
    svg = view.GetDrawingText()
    SVG(svg.replace('svg:', ''))
    print(path + "/" + name)
    try:
        svg2png(bytestring=svg, write_to=path + "/" + name + ".png ")
    except:
        pass


def main():
    reactant_1 = Chem.MolFromSmiles('COc2ccc1cccc(CCNC(C)=O)c1c2')
    reaction_pattern = '[C:1]>>[C:1][OH]'
    rxn = AllChem.ReactionFromSmarts(reaction_pattern)
    x = rxn.RunReactants([reactant_1])
    for i, mol in enumerate(x):
        print(mol[0])
        try:
            Chem.SanitizeMol(mol[0])
            generate_image(mol[0], (300, 300), "tmp", "metablite_{0}".format(i))
        except:
            print("Error")
            print(Chem.MolToMolBlock(mol[0]))


if __name__ == "__main__":
    main()

Vérification

Quatre produits ont été obtenus. L'une était une erreur due à la charge lors de la désinfection. Vérifions le résultat avec une image.

Produit 1

Produit 2

Produit 3

Produit 4

Produit 5 (erreur de charge causée par le processus de désinfection)

Considération

Le résultat est comme prévu. -Il n'y a pas eu de réaction du cycle aromatique à l'atome C, mais la raison n'est pas claire. Il est nécessaire de confirmer les spécifications (futurs numéros) ―― Dans tous les cas, il semble nécessaire de juger si le réactif produit est un composé valide.

RDKit définit le modèle de réaction avec SMARTS et produit un réactif