Python FlowFishMaster

Flow of process:

  1. channel image separation - noise remove (Gaussian 3x3) - nucleus channel left border shade correction - filtering on max intensity of nucleus ch
  2. feature - cell nucleus mask - signal channel background/SN - filtering ??
  3. image correction - blur restoration - channel pixel position adjustment - flu leakage compensation
  4. feature
  5. filtering
  6. spot detection

Gating S1: intensité du canal du noyau (pas de noyau / cellule) [CAM fluide] 　　　max_intensity S2: position du noyau (cellule entière non / seulement une tranche de cellule dans le champ de vision) [CAM fluide] center_x border_pixels_ratio S3: nucleus mask area circularity -> Aggregation(slice cell) 　S4: signal intensity pas de signal-> échec de coloration des points lumineux S5: total/mean intensity of nucleus area

Next Step Le masque nucléaire couvre-t-il les points brillants de Ch2 / 4-> met en œuvre la détection des taches en python? Besoin de sauvegarder le passage simultané?

Config & results mi_shares: config: general: (system wide config) gate: (parameters used in gating) spot: (spot detection) results: images:

Results directory structure: results: /run /imgs /res

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