Script pour changer la description de fasta

Problème Fasta où la description est dans un fichier séparé

Dans certaines bases de données, seul l'ID est décrit dans fasta et la description correspondant à cet ID peut être dans un fichier séparé.

http://genome.jgi.doe.gov/Creinhardtii/download/_JAMO/585473eb7ded5e78cff8c450/Creinhardtii_281_v5.5.annotation_info.txt?requestTime=1491367905

Cela peut être utile AHRD (https://github.com/groupschoof/AHRD/blob/master/README.textile) Parce qu'il ne convient pas pour optimiser les annotations à l'aide de J'ai écrit le script suivant qui fusionne les deux fichiers.

fasta_annotation_merge.py


#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

#fasta_Modifiez les informations d'annotation avec l'élément id comme clé

import sys
from Bio import SeqIO
import csv


fasta_in = sys.argv[1]                            #Dans le premier argument, spécifiez le fichier fasta que vous souhaitez modifier.
changer_in = sys.argv[2]                          #KeyID délimité par des tabulations dans le deuxième argument\t Spécifiez le fichier qui décrit l'annotation

for q in open(changer_in, "r"):                     #Ouvrez le fichier d'informations d'annotation
    change = q.split('\t')        #Mettre dans la liste des changements séparés par des tabulations
    for record in SeqIO.parse(fasta_in, 'fasta'): #Ouvrez Fasta File Parse à l'aide de SeqIO(Lire un élément à la fois)
        id_part = record.id                       #Lire la partie ID de fasta
        seq = record.seq                          #Lire la partie tableau de fastan
        if id_part == change[0]:            #Si la partie id du fichier fasta et la partie id de l'élément de changeur correspondent. ..
                fasta_seq = '>' + id_part + ' '+ change[1] + '\n' + seq + '\n'     #Organiser au format fasta
                print(fasta_seq)                  #Sortie fasta vers sortie standard

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