Un chercheur d'une société pharmaceutique a résumé RDKit

introduction

Ici, nous expliquerons RDKit, indispensable pour la chimioinfomatique. Je vais résumer la méthode de base en utilisant Python.

Installation et importation

Pour utiliser RDKit, il est recommandé d'installer Anaconda et de l'installer avec conda.

$ conda install -c rdkit rdkit

Lors de son utilisation, importez-le comme suit.

from rdkit import Chem

Lire et écrire des molécules

Par exemple, pour enregistrer la structure du composé affiché dans SMILES sous forme de fichier png:

from rdkit import Chem


molecule = Chem.MolFromSmiles(Sourires composés)
Chem.Draw.MolToFile(molecule, 'nom de fichier.png')

Vous pouvez également le créer à partir d'un fichier mol.

from rdkit import Chem


molecule = Chem.MolFromMolFile(Fichier mol du composé)
Chem.Draw.MolToFile(molecule, 'nom de fichier.png')

Calcul du descripteur composé

Pour calculer le descripteur du composé lu par SMILES:

from rdkit import Chem
from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors


smiles_list = [Liste des SMILES des composés cibles]
target_descriptors = []
for desc in Chem.Descriptors.descList:
    target_descriptors.append(desc[0]) #desc est un tuple de noms de descripteurs et d'informations associées.
print(len(target_descriptors))
print(target_descirptors)

descriptor_calculator = MoleculeDescriptors.MolecularDescriptorCalculator(target_descriptors)
descriptors = []
for smiles in smiles_list:
    molecule = Chem.MolFromSmiles(smiles)
    descriptors.append(descriptor_calculator.CalcDescriptors(molecule))
print(descriptors)

Résumé

Ici, j'ai expliqué comment utiliser RDKit avec Python. Si vous comprenez ce contenu, vous pourrez facilement calculer le descripteur du composé.

Documents de référence / liens

Comment la chimioinformatique peut-elle aider les entreprises pharmaceutiques? De quel type de connaissances avez-vous besoin?

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