[JAVA] Exercice phylogénétique moléculaire avec docker (travail)

Pratique phylogénétique moléculaire De la création de jeux de données au test d'hypothèse Akifumi Tanabe 20/10/2015 https://www.fifthdimension.jp/documents/molphytextbook/molphytextbook.ja.html

Lutte pour bouger avec docker

java

Je veux choisir la meilleure image Java Docker https://k11i.biz/blog/2018/05/17/base-docker-images-for-java/

Pensez aux images Docker recommandées après la version Java 11 https://k11i.biz/blog/2018/10/29/base-docker-images-for-java11/

Résumé du support Java 2018 https://qiita.com/nowokay/items/edb5c5df4dbfc4a99ffb

Une note rapide sur l'utilisation de jshell avec l'image Docker officielle du JDK https://qiita.com/hi5san/items/d2f2fc77683530073267

$ docker run -v /tmp/work:/tmp/work -it openjdk /bin/bash
docker: Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?.
See 'docker run --help'.

# apt update; apt -y upgrade
bash: apt: command not found

openjdk

https://hub.docker.com/_/openjdk

adoptopenjdk

https://hub.docker.com/_/adoptopenjdk

adoptopenjdk/openjdk11 - Docker Hub https://hub.docker.com/r/adoptopenjdk/openjdk11/

$ docker run -v /tmp/work:/tmp/work -it adoptopenjdk/openjdk11:alpine-slim  /bin/bash
Unable to find image 'adoptopenjdk/openjdk11:alpine-slim' locally
alpine-slim: Pulling from adoptopenjdk/openjdk11
c9b1b535fdd9: Pull complete 
c27d8e400471: Pull complete 
deee333e69e3: Pull complete 
951b04c9812e: Pull complete 
Digest: sha256:9f18e54372102ed0cd3cb782d49d147d03cc2f3a8f08f096ee95b84563685441
Status: Downloaded newer image for adoptopenjdk/openjdk11:alpine-slim
docker: Error response from daemon: OCI runtime create failed: container_linux.go:346: starting container process caused "exec: \"/bin/bash\": stat /bin/bash: no such file or directory": unknown.

Référence

Essayez différents JDK avec Docker https://qiita.com/kikutaro/items/d140f519253f276b94e0

Problèmes rencontrés lors de l'utilisation de l'image OpenJDK maintenue par la communauté Docker https://matsumana.info/blog/2018/10/13/openjdk11-docker/

Auto-référence

Statistiques biologiques https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/6ebfb7bae0495424061e