[JAVA] Comment utiliser les bio-formats sur Ubuntu 20.04
Comment utiliser Bio-Formats.
- Téléchargez les outils de ligne de commande
wget https://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/6.5.1/artifacts/bftools.zip
Décompressez-le, par exemple, $ HOME / bin / bftools
À travers le chemin
.bash_profile
(réduction)
export PATH=$HOME/bin/bftools:$PATH
- Téléchargez ij.jar
wget http://wsr.imagej.net/distros/linux/ij153-linux64-java8.zip
Décompressez et mettez ij.jar dans $ HOME / bin / bftools
- Téléchargez des exemples de données
wget https://downloads.openmicroscopy.org/images/OME-TIFF/2016-06/tubhiswt-2D.zip
Une fois décompressé, il y a les deux fichiers suivants
$ tree tubhiswt-2D
tubhiswt-2D
├── tubhiswt_C0.ome.tif
└── tubhiswt_C1.ome.tif
- Affichage de l'image
showinf tubhiswt_C0.ome.tif
- Affichage d'images avec ImageJ
ijview tubhiswt_C0.ome.tif
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