PhytoMine-Comment acquérir efficacement les données de séquence de gènes d'une espèce végétale spécifique avec Python
La dernière fois, j'ai présenté comment obtenir des informations génétiques avec PhytoMine-Python. Cette fois, j'ai trouvé un moyen simple d'obtenir la séquence d'un gène avec PhytoMine-Python, donc pour rappel.
1. Accédez aux [DataSources] de PhytoMine (https://phytozome.jgi.doe.gov/phytomine/dataCategories.do)
2. Accédez au lien vers la séquence que vous souhaitez obtenir
Cette fois, sélectionnez Proteins.
3. Sélectionnez le lien de l'espèce végétale pour laquelle vous souhaitez obtenir la séquence
Cette fois, sélectionnez Populus trichocarpa.
4. Cliquez sur Générer du code Python en haut à droite
Ensuite, le code Python sortira. Vous pouvez utiliser ce code en copier-coller. Comme c'est pour python2, il est nécessaire de réécrire l'instruction print, mais à part cela, il semble qu'elle puisse être utilisée telle quelle.
Ce qui suit est une modification pour enregistrer les données de l'espèce végétale spécifiée au format csv.
import pandas as pd
from intermine.webservice import Service
service = Service("https://phytozome.jgi.doe.gov/phytomine/service")
query = service.new_query("Protein")
query.add_constraint("organism.shortName", "=", "P. trichocarpa", code = "A")
seq_df = []
for row in query.rows(size=size):
seq_df.append(row)
seq_df = pd.DataFrame(seq_df,columns=row.keys())
seq_df.to_csv("20201005_Proteins_Top20.csv")
Il sera sauvé comme ça.
Puisqu'il s'agit d'un essai, j'essaie de ne sauvegarder que les 20 premiers gènes, mais en principe tous les gènes devraient pouvoir être sauvegardés à la fois.
En passant, vous pouvez sélectionner d'autres langues dans le menu déroulant.
