Création d'un environnement pour Anaconda et Jupyter

  1. install

Installez Homebrew et exécutez ce qui suit

$ brew install pyenv
$ pyenv install anaconda3-2.5.0

Il semble y avoir un installateur GUI, mais je ne l'ai pas utilisé. Il existe également une procédure lors de l'utilisation du programme d'installation de l'interface graphique.

  1. Test drive

Un tutoriel est fourni alors faisons-le.

Le contenu ici est bien résumé dans la feuille de triche suivante.

2-1. Gestion de l'anaconda

Confirmation d'installation

Émettez la version et confirmez l'installation

$ conda --version

La version devrait sortir, mais pas

pyenv: conda: command not found

The `conda' command exists in these Python versions:
  anaconda3-2.5.0

C'est parce que je l'ai installé avec Pyenv et non Global

Créez un dossier de travail et installez anaconda en utilisant pyenv.

$ pyenv local anaconda3-2.5.0 
$ conda --version
conda 3.19.1

Cette fois, c'était fait.

mise à jour

Mettez à jour Anaconda vers la dernière version.

$ conda update conda

Je pensais que tout allait bien car il venait d'être installé, mais il a été mis à jour normalement

2-2. Gestion de l'environnement de travail

Anaconda vous permet de créer et de sauvegarder des environnements de travail. Ici, c'est similaire à R.

Création d'environnement de travail

Préparez un environnement nommé Snowflakes pour Biopython. Le nom suit le tutoriel.

$ conda create --name snowflakes biopython

Le téléchargement et la configuration de biopython vont commencer et vous verrez le message suivant:

#
# To activate this environment, use:
# $ source activate snowflakes
#
# To deactivate this environment, use:
# $ source deactivate
#

Essayez de l'activer immédiatement.

$ source activate snowflakes
usage: grep [-abcDEFGHhIiJLlmnOoqRSsUVvwxZ] [-A num] [-B num] [-C[num]]
	[-e pattern] [-f file] [--binary-files=value] [--color=when]
	[--context[=num]] [--directories=action] [--label] [--line-buffered]
	[--null] [pattern] [file ...]
pyenv: -bash: command not found

[Le processus est terminé]

Je ne pouvais pas comprendre ce qui s'était passé, alors je l'ai laissé et j'ai continué.

2-3. Gestion des versions de Python

Comme le rôle recoupe celui de pyenv, je n'ai qu'un mauvais pressentiment. Laissez-le tranquille et continuez.

2-4. Gestion des packages Anaconda

Afficher la liste des packages installables

$ conda list 

Recherchez des packages (installez beautifulsoup4 ici)

$ conda search beautifulsoup4

Installer (beautifulsoup4 est déjà installé donc rien ne se passe)

$ conda install beautifulsoup4

Désinstaller

$ conda remove beautifulsoup4
  1. Jupyter Notebook

Enfin, je vais faire diverses choses avec Jypyter.

3-1. Démarrez Jupyter Notebook

Lancez Jupyter Notebook

$ jupyter notebook

kobito.1458974303.637463.png

Après cela, opérez ici. Exécutez New Notebook en haut à droite et Hello, world. kobito.1458974583.546858.png

Vous pouvez exécuter des cellules en appuyant sur Maj + Entrée.

C'est tout pour aujourd'hui. Je ferai le reste la prochaine fois.

Reference

  1. install

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