Création d'un environnement pour Anaconda et Jupyter
- install
Installez Homebrew et exécutez ce qui suit
$ brew install pyenv
$ pyenv install anaconda3-2.5.0
Il semble y avoir un installateur GUI, mais je ne l'ai pas utilisé. Il existe également une procédure lors de l'utilisation du programme d'installation de l'interface graphique.
- Test drive
Un tutoriel est fourni alors faisons-le.
Le contenu ici est bien résumé dans la feuille de triche suivante.
2-1. Gestion de l'anaconda
Confirmation d'installation
Émettez la version et confirmez l'installation
$ conda --version
La version devrait sortir, mais pas
pyenv: conda: command not found
The `conda' command exists in these Python versions:
anaconda3-2.5.0
C'est parce que je l'ai installé avec Pyenv et non Global
Créez un dossier de travail et installez anaconda en utilisant pyenv.
$ pyenv local anaconda3-2.5.0
$ conda --version
conda 3.19.1
Cette fois, c'était fait.
mise à jour
Mettez à jour Anaconda vers la dernière version.
$ conda update conda
Je pensais que tout allait bien car il venait d'être installé, mais il a été mis à jour normalement
2-2. Gestion de l'environnement de travail
Anaconda vous permet de créer et de sauvegarder des environnements de travail. Ici, c'est similaire à R.
Création d'environnement de travail
Préparez un environnement nommé Snowflakes pour Biopython. Le nom suit le tutoriel.
$ conda create --name snowflakes biopython
Le téléchargement et la configuration de biopython vont commencer et vous verrez le message suivant:
#
# To activate this environment, use:
# $ source activate snowflakes
#
# To deactivate this environment, use:
# $ source deactivate
#
Essayez de l'activer immédiatement.
$ source activate snowflakes
usage: grep [-abcDEFGHhIiJLlmnOoqRSsUVvwxZ] [-A num] [-B num] [-C[num]]
[-e pattern] [-f file] [--binary-files=value] [--color=when]
[--context[=num]] [--directories=action] [--label] [--line-buffered]
[--null] [pattern] [file ...]
pyenv: -bash: command not found
[Le processus est terminé]
Je ne pouvais pas comprendre ce qui s'était passé, alors je l'ai laissé et j'ai continué.
2-3. Gestion des versions de Python
Comme le rôle recoupe celui de pyenv, je n'ai qu'un mauvais pressentiment. Laissez-le tranquille et continuez.
2-4. Gestion des packages Anaconda
Afficher la liste des packages installables
$ conda list
Recherchez des packages (installez beautifulsoup4 ici)
$ conda search beautifulsoup4
Installer (beautifulsoup4 est déjà installé donc rien ne se passe)
$ conda install beautifulsoup4
Désinstaller
$ conda remove beautifulsoup4
- Jupyter Notebook
Enfin, je vais faire diverses choses avec Jypyter.
3-1. Démarrez Jupyter Notebook
Lancez Jupyter Notebook
$ jupyter notebook
Après cela, opérez ici. Exécutez New Notebook en haut à droite et Hello, world.
Vous pouvez exécuter des cellules en appuyant sur Maj + Entrée.
C'est tout pour aujourd'hui. Je ferai le reste la prochaine fois.
Reference
- install