ImageJ est un logiciel de traitement d'image basé sur Java développé par NIH. Il est utilisé en standard dans la recherche biologique.
Étant donné qu'ImageJ est open source, il existe de nombreuses distributions et Fidji est particulièrement populaire. Par conséquent, il est appelé "Fidji est juste l'image J". Quand vous pensez "Je veux faire ce genre de traitement" dans l'analyse d'image, Fidji a la plupart des fonctions. (Cependant, les plus avancés sont exclus. Implémentons les plus avancés dans MATLAB ou Python.)
Les fonctions de base pour utiliser ImageJ sont résumées ci-dessous.
Par exemple, si vous prenez une vidéo, ImageJ la chargera comme une collection de plusieurs images. Dans le cas de l'enregistrement, s'il est au format tif, plusieurs images peuvent être enregistrées dans un fichier en tant que groupe (pile). En tant que pile, il existe une connexion dans la direction de l'axe du temps comme un film, mais il existe d'autres piles lorsque la profondeur (direction z) est modifiée (c'est-à-dire une pile faite en découpant des données 3D), comme RVB. Il y a une connexion (canal) en raison de la différence de longueur d'onde. Dans ImageJ, ces trois connexions peuvent être séparées en une pile, et une hyper pile pouvant contenir jusqu'à 5 informations dimensionnelles peut être gérée. Les hyperstacks peuvent également être enregistrés sous forme de fichiers tif. Cependant, si vous lisez ceci avec MATLAB etc., la pile à 5 dimensions sera également lue en 3D. L'ordre est channel, z stack et time stack.
LookUp Une tâche courante consiste à convertir linéairement la luminosité avec Luminosité / Contraste sous Ajust dans l'onglet Image. Vous pouvez également changer la couleur avec les tableaux de recherche. LookUp ne change que l'apparence, donc le fait est que ** la valeur de luminosité de l'image n'est pas du tout modifiée **. Je change juste la méthode d'affichage. Si vous regardez le logiciel enregistré avec un autre logiciel, il se peut qu'il ne change pas du tout. Cependant, lorsque vous appuyez sur le bouton [Appliquer], l'apparence est adoptée et la valeur de luminosité change.
ROI(region of interest) C'est une fonction pour spécifier la zone de l'image et la marquer, et définir le pixel comme zone d'intérêt. Pour les images empilées, vous pouvez également spécifier et marquer des tranches. Les boutons carrés et circulaires sont les paramètres permettant de prendre le ROI. Vous pouvez enregistrer le ROI inclus par la commande [crtl key + t] dans la gestion ROI. [Mesure] affiche les informations de la zone. Le retour sur investissement peut être attaché à l'image en tant que superposition et peut être enregistré en tant que fichier ROI distinct de l'image.
Vous pouvez également définir des méta-informations telles que la longueur par pixel (c'est-à-dire la résolution) et les enregistrer au format de fichier tif. Des informations peuvent être trouvées dans [Propriétés ...] et ainsi de suite. Vous pouvez également ajouter une barre d'échelle avec [Barre d'échelle ...] basée sur ces informations de longueur.
Une macro est une fonction qui enregistre et automatise une série de processus. L'enregistrement commence par [Enregistrer ...] de [Macros] de [Plugin], puis le traitement que vous avez effectué est enregistré. C'est similaire à une macro Excel et est très utile. Les macros peuvent être enregistrées sous forme de fichiers ijm.
plugin C'est similaire à une macro, mais c'est une fonctionnalité qui vous permet d'étendre les fonctionnalités d'ImageJ. De nombreux plugins sont introduits sur la page d'accueil d'ImageJ. Il sera installé lorsque vous placerez le fichier jar (fichier exécutable java compilé) dans le dossier du plugin. Vous pouvez également développer votre propre plugin et l'écrire en Java.
Recommended Posts