Utilisez pymol comme bibliothèque python

L'explication sera donnée dans l'environnement suivant. Linux: 3.13.0-37-generic #64-Ubuntu

Python 2.7.6

Afficher le chemin du module importé

<module name>.path

>>> import pymol
>>> pymol.__path__
['/usr/lib/python2.7/dist-packages/pymol']

installation de biopython

[hnishi@hn python_pymol]$ sudo apt-get install python-biopython

Afficher l'aide du module

help(<module name>)

>>> import Bio
>>> help(Bio)

Utiliser les fonctions pymol de python normal (CUI)

** pymol -c **: pymol ouvert avec CUI uniquement

cui_pymol.py

import pymol
pymol.pymol_argv = ['pymol','-c'] 
pymol.finish_launching()
pymol.cmd.fetch("4m61")

Résultat de sortie

[hnishi@hn python_pymol]$ python cui_pymol.py
 PyMOL(TM) Molecular Graphics System, Version 1.7.0.0.
 Copyright (c) Schrodinger, LLC.
 All Rights Reserved.

    Created by Warren L. DeLano, Ph.D.

    PyMOL is user-supported open-source software.  Although some versions
    are freely available, PyMOL is not in the public domain.

    If PyMOL is helpful in your work or study, then please volunteer
    support for our ongoing efforts to create open and affordable scientific
    software by purchasing a PyMOL Maintenance and/or Support subscription.

    More information can be found at "http://www.pymol.org".

    Enter "help" for a list of commands.
    Enter "help <command-name>" for information on a specific command.

 Hit ESC anytime to toggle between text and graphics.

 Command mode. No graphics front end.
 PyMOL: normal program termination.

Avec l'option pymol -q, vous pouvez masquer les informations de version, etc. qui apparaissent au début du journal (Quiet).

Pour les options lors du démarrage de pymol http://pymolwiki.org/index.php/Command_Line_Options référence

Obtenir les coordonnées de l'objet pymol (molécule)

** pymol.cmd.iterate_state (\ <état >, \ <sélection >, \ <expression >) **: fonction pymol, informations sur l'objet

iterate_state.py

#!/usr/bin/python2.7 -i

import sys, os

### pymol launching
import pymol
pymol.pymol_argv = ['pymol','-qc'] + sys.argv[1:]
pymol.finish_launching()
cmd = pymol.cmd

### read pdb
r = cmd.fetch("4m61","obj1")
print r
cmd.iterate_state(1, "obj1 and name CA and resi 3 and chai A", "print x,y,z")  #print coordinates

Résultat de sortie

[hnishi@hn python_pymol]$ python iterate_state.py
obj1
9.97799968719 35.7999992371 20.9699993134

Le mystère qu'il y a 4 chiffres ou moins même si la valeur est jusqu'à 3 chiffres sur le fichier PDB.

La source cui_pymol.py https://gist.github.com/hnishi/3b9a3247a4bc356e17c7.js

Lancer pymol depuis python (GUI)

gui_pymol.py

#!/usr/bin/env python

# Tell PyMOL we don't want any GUI features.
# It runs PyMol fullscreen stereo, and disables the internal gui.
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-qei' ]  #$ pymol -qei

# Importing the PyMOL module will create the window.
import pymol

# Call the function below before using any PyMOL modules.
pymol.finish_launching()

[hnishi@hn python_pymol]$ python gui_pymol.py La fenêtre pymol se lance en plein écran. La fonction GUI interne est désactivée. Au lieu de cela, il est suffisamment léger pour fonctionner à partir du serveur via la fenêtre x.

Afficher les méthodes et les membres des objets et des modules

dir(<something>)

python2.7

>>> import Bio
>>> print dir(Bio)
['BiopythonDeprecationWarning', 'BiopythonExperimentalWarning', 'BiopythonParserWarning', 'BiopythonWarning', 'MissingExternalDependencyError', 'MissingPythonDependencyError', '__builtins__', '__doc__', '__docformat__', '__file__', '__name__', '__package__', '__path__', '__version__']

en attente

from multiprocessing import Pool a = range(100) a p = Pool()

Lien

Comment écrire un script pymol http://qiita.com/hnishi/items/e77b270ad1a6d574d6cc

référence

Utilisez pymol de python http://pymolwiki.org/index.php/Launching_From_a_Script Extraire les informations sur les objets dans pymol http://www.pymolwiki.org/index.php/Simple_Scripting