Extrait uniquement complet du résultat de Trinity

Pas assez pour écrire

Je vais le laisser comme un mémorandum Un script qui extrait uniquement le tableau complet prédit par Transdocode du fichier de résultats Trinity.

compgene_finder.sh


#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

import sys
from Bio import SeqIO
import csv


fasta_in = sys.argv[1]                            #Spécifiez le fichier fasta comme premier argument.
for record in SeqIO.parse(fasta_in, 'fasta'): #Ouvrez Fasta File Parse à l'aide de SeqIO(Lire un élément à la fois)
        id_part = record.id                       #Lire la partie ID de fasta
        desc_part = record.description                       #Lire la partie ID de fasta
        seq = record.seq                          #Lire la partie tableau de fastan
        if 'type:complete' in desc_part:
                fasta_seq = '>' +  desc_part + '\n' + seq      #Organiser au format fasta
                print(fasta_seq)                  #Sortie fasta vers sortie standard

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