4.9 Reverse-complementing SeqRecord objects Vers 4.8
One of the new features in Biopython 1.57 was the SeqRecord object’s reverse_complement method. This tries to balance easy of use with worries about what to do with the annotation in the reverse complemented record. ** Ajout de la nouvelle méthode reverse_complement à Biopython 1.57. Cela permet de modifier plus facilement l'annotation après avoir retourné et complété le tableau. ** **
For the sequence, this uses the Seq object’s reverse complement method. Any features are transferred with the location and strand recalculated. Likewise any per-letter-annotation is also copied but reversed (which makes sense for typical examples like quality scores). However, transfer of most annotation is problematical. ** Utilisez la méthode reverse_complement sur le tableau. Les entités sont converties par emplacement et le brin est recalculé. De même, l'annotation par lettre est copiée et inversée. (Particulièrement efficace pour le score de qualité) Cependant, de nombreuses conversions d'annotations posent des problèmes. ** **
For instance, if the record ID was an accession, that accession should not really apply to the reverse complemented sequence, and transferring the identifier by default could easily cause subtle data corruption in downstream analysis. Therefore by default, the SeqRecord’s id, name, description, annotations and database cross references are all not transferred by default. ** Par exemple, si l'ID d'enregistrement est une accession (numéro d'enregistrement), cette accession ne doit pas être utilisée pour des séquences inversées et complétées, et la conversion des identificateurs par défaut peut endommager les données lors de l'analyse de processus en aval. Ne pas. Par conséquent, par défaut, l'ID, le nom, la description, les annotations et les références croisées de la base de données de SeqRecord ne sont pas convertis. ** **
The SeqRecord object’s reverse_complement method takes a number of optional arguments corresponding to properties of the record. Setting these arguments to True means copy the old values, while False means drop the old values and use the default value. You can alternatively provide the new desired value instead. ** La méthode reverse_complement a plusieurs arguments facultatifs qui correspondent à l'attribut record. En les spécifiant comme True, les valeurs d'origine seront copiées. Si False, la valeur par défaut sera remplacée par l'ancienne. Bien entendu, vous pouvez spécifier vous-même la nouvelle valeur. ** **
Consider this example record: ** Exemple simple: **
>>> from Bio import SeqIO
>>> record = SeqIO.read("NC_005816.gb", "genbank")
>>> print("%s %i %i %i %i" % (record.id, len(record), len(record.features), len(record.dbxrefs), len(record.annotations)))
NC_005816.1 9609 41 1 13
Here we take the reverse complement and specify a new identifier – but notice how most of the annotation is dropped (but not the features): ** Utilisez la méthode reverse_complement pour spécifier un nouvel ID-notamment j'ai perdu beaucoup d'annotations, mais les fonctionnalités sont toujours actives. ** **
>>> rc = record.reverse_complement(id="TESTING")
>>> print("%s %i %i %i %i" % (rc.id, len(rc), len(rc.features), len(rc.dbxrefs), len(rc.annotations)))
TESTING 9609 41 0 0
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