--Apprentissage de la biologie --Étude de Biopython --Révision de l'anglais ――Je veux contribuer le plus possible à ce domaine
Les deux sont complètement débutants, veuillez donc signaler toutes les parties qui n'ont pas de sens. Je traduirai au rythme d'un verset en deux jours. Un texte anglais est également inclus pour faciliter la recherche d'erreurs. Après avoir terminé un chapitre, je vais le rassembler en un seul article.
Chapter 4 Sequence annotation objects Chapter 3 introduced the sequence classes. ** chp3 a introduit la classe de séquence. ** **
Immediately “above” the Seq class is the Sequence Record or SeqRecord class, defined in the Bio.SeqRecord module. ** Directement au-dessus de la classe Seq (ce qui signifie héritage?) Est défini dans le module Sequence Record, ou SeqRecord, dans le module Bio.SeqRecord. ** **
This class allows higher level features such as identifiers and features (as SeqFeature objects) to be associated with the sequence, and is used throughout the sequence input/output interface Bio.SeqIO described fully in Chapter 5. ** Cette classe relie des fonctionnalités de haut niveau telles que des identifiants et des fonctionnalités (objets SeqFeature) avec des séquences, et est largement utilisée dans l'interface d'entrée / sortie de séquence-Bio.SeqIO présentée au chapitre 5. ** **
Si vous ne travaillez qu'avec des données simples comme des fichiers FASTA, vous pouvez probablement (probablement) ignorer ce chapitre pour le moment. ** Si vous ne travaillez qu'avec des données simples comme FASTA, vous pouvez probablement sauter ce chapitre. ** **
While this chapter should cover most things to do with the SeqRecord and SeqFeature objects in this chapter, you may also want to read the SeqRecord wiki page (http://biopython.org/wiki/SeqRecord), and the built in documentation (also online – SeqRecord and SeqFeature): ** Ce chapitre doit faire beaucoup avec les objets SeqRecord et SeqFeature, Vous pouvez également consulter la page wiki SeqRecord et la documentation des fonctions. ** **
>>> from Bio.SeqRecord import SeqRecord
>>> help(SeqRecord)
4.1 The SeqRecord object
The SeqRecord (Sequence Record) class is defined in the Bio.SeqRecord module. ** La classe SeqRecord (Sequence Record) est définie dans le module Bio.SeqRecord. ** **
This class allows higher level features such as identifiers and features to be associated with a sequence (see Chapter 3), and is the basic data type for the Bio.SeqIO sequence input/output interface (see Chapter 5). ** Cette classe offre la possibilité d'ajouter des niveaux élevés de fonctionnalités et de modificateurs aux séquences. Et il devient les données de base de l'interface d'entrée / sortie de séquence Bio.SeqIO (voir chapitre 5) **
The SeqRecord class itself is quite simple, and offers the following information as attributes: ** La classe SeqRecord elle-même est très simple et utilise les informations suivantes comme attributs. ** **
.seq – The sequence itself, typically a Seq object. .id – The primary ID used to identify the sequence – a string. In most cases this is something like an accession number. .name – A “common” name/id for the sequence – a string. In some cases this will be the same as the accession number, but it could also be a clone name. I think of this as being analogous to the LOCUS id in a GenBank record. .description – A human readable description or expressive name for the sequence – a string. .letter_annotations – Holds per-letter-annotations using a (restricted) dictionary of additional information about the letters in the sequence. The keys are the name of the information, and the information is contained in the value as a Python sequence (i.e. a list, tuple or string) with the same length as the sequence itself. This is often used for quality scores (e.g. Section 20.1.6) or secondary structure information (e.g. from Stockholm/PFAM alignment files). .annotations – A dictionary of additional information about the sequence. The keys are the name of the information, and the information is contained in the value. This allows the addition of more “unstructured” information to the sequence. .features – A list of SeqFeature objects with more structured information about the features on a sequence (e.g. position of genes on a genome, or domains on a protein sequence). The structure of sequence features is described below in Section 4.3. .dbxrefs - A list of database cross-references as strings.
**.seq
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