Collectez des données d'apprentissage automatique en grattant des bases de données publiques biosourcées
Aperçu
Un mémo lorsque j'ai étudié comment extraire des données d'une certaine base de données publique
- Lors du grattage, ne mettez pas de charge sur le site.
Motivation
«Je voulais essayer l'apprentissage automatique avec les données décrites dans l'article. ――Il s'est avéré que vous pouvez obtenir les données nécessaires en utilisant la fonction de recherche sur l'écran WEB, mais comme il y avait tellement de cas, je voulais les obtenir automatiquement pour éviter les erreurs de copie. ――Le site disposait également d'une API REST, mais il était difficile de vérifier si les mêmes résultats que les spécifications et l'écran WEB pouvaient être obtenus.
Les données que vous souhaitez obtenir
Je voudrais obtenir un composé (ligand) qui inhibe la protéine coronavirus à partir de la base de données de structure protéique PDB.
La procédure d'acquisition manuelle des données est indiquée ci-dessous.
1. Écran de recherche
Entrez les conditions sur l'écran de recherche (https://www.rcsb.org/search/advanced) et cliquez sur le bouton de recherche (icône en forme de loupe).
- Ce qui suit comprend la condition selon laquelle l'espèce est un «coronavirus» et les données dans lesquelles Ki ou IC50 existe en tant que données d'inhibition sont recherchées.
2. Liste des résultats de la recherche
Une liste de structures protéiques s'affichera comme résultat de la recherche, cliquez donc sur l'ID que vous souhaitez obtenir. En passant, cette fois, je voudrais collecter les données obtenues sur les écrans suivants pour tous les identifiants.
3. Écran des détails de la structure des protéines
Obtenez l'ID du ligand et l'affinité de liaison (constante d'inhibition, unité) à partir de l'écran de détails de la structure de la protéine. Cliquez ensuite sur l'ID.
2. Écran de détails Ligangen
Obtenez des informations structurelles de SMILES, Inchi, etc. à partir de l'écran des détails du ligand
enquête préliminaire
Nous avons confirmé que les transitions d'écran et la représentation des données requises pour le scraping sont au niveau HTML.
--Dans le processus de recherche sur le premier écran de recherche, lorsque la communication a été confirmée dans le mode de développement du navigateur, les conditions de recherche ont été POSTÉES avec une requête JSON et les résultats de la recherche ont été reçus avec la réponse JSON. Il semble que la communication et l'affichage à l'écran soient effectués par JavaScript. --Sur l'écran des détails de la structure de la protéine, l'URL du ligand et les données d'inhibition ont été stockées dans la balise td à l'intérieur de la balise tr avec l'id "binding_row_N" (N est un nombre). --Sur l'écran des détails du ligand, des éléments tels que SMILES étaient affichés par td dans la balise tr avec un identifiant tel que "ChemicalIsomeric". La même chose était vraie pour inchi et inchiKey.
Essayer
Puisque l'enquête préliminaire était terminée, je l'ai essayé. J'étais également intéressé par Scrapy, j'ai donc essayé deux modèles, l'un avec Scrapy et l'autre sans Scrapy (Python brut).
Méthode 1 Python brut
code
get_pdp.py
import requests
import json
import time
import lxml.html
import argparse
import csv
def get_ligand(ligand_id):
tmp_url = "https://www.rcsb.org" + ligand_id
response = requests.get(tmp_url)
if response.status_code != 200:
return response.status_code, []
html = response.text
root = lxml.html.fromstring(html)
print(tmp_url)
smiles = root.xpath("//tr[@id='chemicalIsomeric']/td[1]/text()")[0]
inchi = root.xpath("//tr[@id='chemicalInChI']/td[1]/text()")[0]
inchi_key = root.xpath("//tr[@id='chemicalInChIKey']/td[1]/text()")[0]
return response.status_code, [smiles, inchi, inchi_key]
def get_structure(structure_id):
structure_url = "https://www.rcsb.org/structure/"
tmp_url = structure_url + structure_id
print(tmp_url)
html = requests.get(tmp_url).text
root = lxml.html.fromstring(html)
binding_trs = root.xpath("//tr[contains(@id,'binding_row')]")
datas = []
ids = []
for tr in binding_trs:
print(tr.xpath("@id"))
d1 = tr.xpath("td[position()=1]/a/@href")
if d1[0] in ids:
continue
ids.append(d1[0])
status_code, values = get_ligand(d1[0])
ligand_id = d1[0][(d1[0].rfind("/") + 1):]
if status_code == 200:
smiles, inchi, inchi_key = values
item = tr.xpath("td[position()=2]/a/text()")[0]
item = item.strip()
value = tr.xpath("td[position()=2]/text()")[0]
value = value.replace(":", "")
value = value.replace(";", "")
value = value.replace(" ", "")
value = value.replace("\n", "")
print(value)
values = value.split(" ", 1)
print(values)
value = values[0].strip()
unit = values[1].strip()
datas.append([ligand_id, smiles, inchi, inchi_key, item, value, unit])
time.sleep(1)
return datas
def main():
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("-output", type=str, required=True)
args = parser.parse_args()
base_url = "https://www.rcsb.org/search/data"
payloads = {"query":{"type":"group","logical_operator":"and","nodes":[{"type":"group","logical_operator":"and","nodes":[{"type":"group","logical_operator":"or","nodes":[{"type":"group","logical_operator":"and","nodes":[{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_binding_affinity.value","negation":False,"operator":"exists"},"node_id":0},{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_binding_affinity.type","operator":"exact_match","value":"IC50"},"node_id":1}],"label":"nested-attribute"},{"type":"group","logical_operator":"and","nodes":[{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_binding_affinity.value","negation":False,"operator":"exists"},"node_id":2},{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_binding_affinity.type","operator":"exact_match","value":"Ki"},"node_id":3}],"label":"nested-attribute"}]},{"type":"group","logical_operator":"and","nodes":[{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"operator":"exact_match","negation":False,"value":"Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus","attribute":"rcsb_entity_source_organism.taxonomy_lineage.name"},"node_id":4}]}],"label":"text"}],"label":"query-builder"},"return_type":"entry","request_options":{"pager":{"start":0,"rows":100},"scoring_strategy":"combined","sort":[{"sort_by":"score","direction":"desc"}]},"request_info":{"src":"ui","query_id":"e757fdfd5f9fb0efa272769c5966e3f4"}}
print(json.dumps(payloads))
response = requests.post(
base_url,
json.dumps(payloads),
headers={'Content-Type': 'application/json'})
datas = []
for a in response.json()["result_set"]:
structure_id = a["identifier"]
datas.extend(get_structure(structure_id))
time.sleep(1)
with open(args.output, "w") as f:
writer = csv.writer(f, lineterminator="\n")
writer.writerow(["ligand_id", "canonical_smiles", "inchi", "inchi_key", "item", "value", "unit"])
for data in datas:
writer.writerow(data)
if __name__ == "__main__":
main()
Commentaire
- La méthode principale est la recherche par requête json. Puisqu'un tableau d'ID est obtenu, il est bouclé et la méthode get_structure est appelée. --Dans la méthode get_sctructure, la balise tr de BindingAffinity est acquise, les données d'inhibition en sont acquises et la méthode get_ligand est appelée. --Dans la méthode get_ligand, SMILES, Inchi, etc. sont acquis depuis id. --Enfin, toutes les données acquises par la méthode principale sont sorties en csv.
Méthode 2 Méthode utilisant Scrapy
code
items.py
class PdbGetItem(scrapy.Item):
ligand_id = scrapy.Field()
canonical_smiles = scrapy.Field()
inchi = scrapy.Field()
inchi_key = scrapy.Field()
item = scrapy.Field()
value = scrapy.Field()
unit = scrapy.Field()
get_pdb.py
import scrapy
from scrapy.http import Request, JsonRequest
import json
from ..items import PdbGetItem
class LigandsSpider(scrapy.Spider):
name = 'get_pdb'
allowed_domains = ['www.rcsb.org']
def start_requests(self):
base_url = "https://www.rcsb.org/search/data"
payloads = {"query":{"type":"group","logical_operator":"and","nodes":[{"type":"group","logical_operator":"and","nodes":[{"type":"group","logical_operator":"or","nodes":[{"type":"group","logical_operator":"and","nodes":[{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_binding_affinity.value","negation":False,"operator":"exists"},"node_id":0},{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_binding_affinity.type","operator":"exact_match","value":"IC50"},"node_id":1}],"label":"nested-attribute"},{"type":"group","logical_operator":"and","nodes":[{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_binding_affinity.value","negation":False,"operator":"exists"},"node_id":2},{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_binding_affinity.type","operator":"exact_match","value":"Ki"},"node_id":3}],"label":"nested-attribute"}]},{"type":"group","logical_operator":"and","nodes":[{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"operator":"exact_match","negation":False,"value":"Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus","attribute":"rcsb_entity_source_organism.taxonomy_lineage.name"},"node_id":4}]}],"label":"text"}],"label":"query-builder"},"return_type":"entry","request_options":{"pager":{"start":0,"rows":100},"scoring_strategy":"combined","sort":[{"sort_by":"score","direction":"desc"}]},"request_info":{"src":"ui","query_id":"e757fdfd5f9fb0efa272769c5966e3f4"}}
yield JsonRequest(url=base_url, data=payloads, callback=self.parse)
def parse(self, response):
jsonresponse = json.loads(response.text)
for a in jsonresponse["result_set"]:
ligand_id = a['identifier']
structure_url = "https://www.rcsb.org/structure/"
structure_url += ligand_id
yield Request(url=structure_url, callback=self.parse_structure)
def parse_structure(self, response):
ids = response.xpath("//tr[contains(@id,'binding_row')]/td[position()=1]/a/@href").getall()
items = response.xpath("//tr[contains(@id,'binding_row')]/td[position()=2]/a/text()").getall()
values = response.xpath("//tr[contains(@id,'binding_row')]/td[position()=2]/text()").getall()
for ligand_id, item, value in zip(ids, items, values):
ligand_url = "https://www.rcsb.org" + ligand_id
item = item.strip()
value = value.replace(":", "")
value = value.replace(";", "")
value = value.replace(" ", "")
value = value.replace("\n", "")
values = value.split(" ", 1)
value = values[0].strip()
unit = values[1].strip()
pdb_item = PdbGetItem()
ligand_id = ligand_id[(ligand_id.rfind("/") + 1):]
pdb_item["ligand_id"] = ligand_id
pdb_item["item"] = item
pdb_item["value"] = value
pdb_item["unit"] = unit
request = Request(url=ligand_url, callback=self.parse_ligand)
request.meta["item"] = pdb_item
yield request
def parse_ligand(self, response):
smiles = response.xpath("//tr[@id='chemicalIsomeric']/td[1]/text()").get()
inchi = response.xpath("//tr[@id='chemicalInChI']/td[1]/text()").get()
inchi_key = response.xpath("//tr[@id='chemicalInChIKey']/td[1]/text()").get()
pdb_item = response.meta['item']
pdb_item["canonical_smiles"] = smiles
pdb_item["inchi"] = inchi
pdb_item["inchi_key"] = inchi_key
yield pdb_item
settings.py
ROBOTSTXT_OBEY = False
DOWNLOAD_DELAY = 3
ITEM_PIPELINES = {
'pdb_get.pipelines.PdbGetPipeline': 300,
}
pipelines.py
from scrapy.exceptions import DropItem
import csv
class PdbGetPipeline:
def open_spider(self, spider):
self.f = open("output.csv", "w")
self.writer = csv.writer(self.f, lineterminator="\n")
self.writer.writerow(["ligand_id", "canonical_smiles", "inchi", "inchi_key", "item", "value", "unit"])
def close_spider(self, spider):
self.f.close()
def process_item(self, item, spider):
if item["canonical_smiles"]:
self.writer.writerow([item["ligand_id"], item["canonical_smiles"], item["inchi"],
item["inchi_key"], item["item"], item["value"], item["unit"]])
else:
raise DropItem(item["ligand_id"])
Commentaire
--get_pdb.py est un scraper, items.py est une classe d'éléments qui contient des données, settings.py est un paramètre et piplelines.py est une classe de pipeline pour le traitement des éléments. --Dans setting.py, sleep est spécifié par requête (3 secondes), que vous suiviez ou non Robots.txt et pipeline.py est activé.
- Vous effectuez une recherche avec la méthode start_requests de LingadsSpider dans get_pdb.py.
- La méthode d'analyse de LingadsSpider dans get_pdb.py est utilisée pour traiter les résultats de la recherche et appeler l'écran des détails de la structure des protéines.
- La méthode parse_structure de LingadsSpider dans get_pdb.py est utilisée pour acquérir des données d'inhibition à partir de l'écran des détails de la structure des protéines et passer à l'écran des détails du ligand.
- Les informations structurelles sont acquises à partir de l'écran des détails du ligand en utilisant la méthode parse_ligand de LingadsSpider dans get_pdb.py.
--Les données requises pour l'élément sont acquises par les deux processus de la méthode parse_structure et de la méthode parse_ligand, mais le passage de ces éléments est le suivant:
`request.meta [" item "] = pdb_item``` dans la méthode parse_structure. Cela se fait avecpdb_item = response.meta ['item']`` dans la méthode parse_ligand. C'est la partie que l'on peut qualifier de petit foie de cette époque. --Dans pipeline.py, le flux de fichier est ouvert et fermé et sorti dans le flux pour afficher le résultat dans le fichier csv.
CSV de sortie
Comme ça. Puisque nous avons des données de structure et d'inhibition, créons un modèle qui prédit les médicaments candidats.
ligand_id,canonical_smiles,inchi,inchi_key,item,value,unit
CYV,CCOC(=O)CC[C@H](C[C@H]1CCNC1=O)NC(=O)[C@H](CC=C(C)C)CC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)OC(C)(C)C)C(C)C,"InChI=1S/C32H54N4O9/c1-9-44-26(39)13-12-23(16-22-14-15-33-28(22)40)34-29(41)21(11-10-19(2)3)17-25(38)27(20(4)5)36-30(42)24(18-37)35-31(43)45-32(6,7)8/h10,20-24,27,37H,9,11-18H2,1-8H3,(H,33,40)(H,34,41)(H,35,43)(H,36,42)/t21-,22-,23-,24+,27+/m1/s1",CSVHTXSZRNRRSB-AHPXAKOISA-N,IC50,80000,nM
GRM,C[C@@H](N1CC[C@@H](CC1)C(=O)NCc2ccc3OCOc3c2)c4cccc5ccccc45,"InChI=1S/C26H28N2O3/c1-18(22-8-4-6-20-5-2-3-7-23(20)22)28-13-11-21(12-14-28)26(29)27-16-19-9-10-24-25(15-19)31-17-30-24/h2-10,15,18,21H,11-14,16-17H2,1H3,(H,27,29)/t18-/m1/s1",IVXBCFLWMPMSAP-GOSISDBHSA-N,IC50,320,nM
XP1,CN(C)c1ccc(cc1)C(O)=O,"InChI=1S/C9H11NO2/c1-10(2)8-5-3-7(4-6-8)9(11)12/h3-6H,1-2H3,(H,11,12)",YDIYEOMDOWUDTJ-UHFFFAOYSA-N,IC50,5000,nM
S88,C[C@@H](N1CC[C@H](CC1)C(=O)NCc2cccc(F)c2)c3cccc4ccccc34,"InChI=1S/C25H27FN2O/c1-18(23-11-5-8-20-7-2-3-10-24(20)23)28-14-12-21(13-15-28)25(29)27-17-19-6-4-9-22(26)16-19/h2-11,16,18,21H,12-15,17H2,1H3,(H,27,29)/t18-/m1/s1",XJTWGMHOQKGBDO-GOSISDBHSA-N,IC50,150,nM
P85,C[C@@H](N1CC[C@@H](CC1)C(=O)NCc2ccc(F)cc2)c3cccc4ccccc34,"InChI=1S/C25H27FN2O/c1-18(23-8-4-6-20-5-2-3-7-24(20)23)28-15-13-21(14-16-28)25(29)27-17-19-9-11-22(26)12-10-19/h2-12,18,21H,13-17H2,1H3,(H,27,29)/t18-/m1/s1",VTAUBQMDNJOEAK-GOSISDBHSA-N,IC50,490,nM
3X5,O=C[C@H](Cc1[nH]cnc1)NC[C@H]2C[C@@H]3CCCC[C@H]3CN2C(=O)c4ccc(cc4)c5ccccc5,"InChI=1S/C29H34N4O2/c34-19-27(15-26-16-30-20-32-26)31-17-28-14-24-8-4-5-9-25(24)18-33(28)29(35)23-12-10-22(11-13-23)21-6-2-1-3-7-21/h1-3,6-7,10-13,16,19-20,24-25,27-28,31H,4-5,8-9,14-15,17-18H2,(H,30,32)/t24-,25-,27-,28+/m0/s1",VZCULZJNALRGNB-DNZWLJDLSA-N,IC50,240000,nM
3A7,Brc1ccc(cc1)C(=O)N2C[C@H]3CCCC[C@@H]3C[C@H]2CN[C@@H](Cc4[nH]cnc4)C=O,"InChI=1S/C23H29BrN4O2/c24-19-7-5-16(6-8-19)23(30)28-13-18-4-2-1-3-17(18)9-22(28)12-26-21(14-29)10-20-11-25-15-27-20/h5-8,11,14-15,17-18,21-22,26H,1-4,9-10,12-13H2,(H,25,27)/t17-,18-,21+,22+/m1/s1",SKLHMRHVVDDIOX-UBBRYJJRSA-N,IC50,63000,nM
SFG,N[C@@H](CC[C@H](N)C(O)=O)C[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1O)n2cnc3c(N)ncnc23,"InChI=1S/C15H23N7O5/c16-6(1-2-7(17)15(25)26)3-8-10(23)11(24)14(27-8)22-5-21-9-12(18)19-4-20-13(9)22/h4-8,10-11,14,23-24H,1-3,16-17H2,(H,25,26)(H2,18,19,20)/t6-,7-,8+,10+,11+,14+/m0/s1",LMXOHSDXUQEUSF-YECHIGJVSA-N,IC50,740,nM
D3F,Cc1cc(c(Cl)cc1Cl)[S](=O)(=O)c2c(cc(cc2[N+]([O-])=O)C(F)(F)F)[N+]([O-])=O,"InChI=1S/C14H7Cl2F3N2O6S/c1-6-2-12(9(16)5-8(6)15)28(26,27)13-10(20(22)23)3-7(14(17,18)19)4-11(13)21(24)25/h2-5H,1H3",INAZPZCJNPPHGV-UHFFFAOYSA-N,IC50,300,nM
F3F,FC(F)(F)c1[nH]c(SC(=O)c2oc(cc2)C#Cc3ccccc3)nn1,"InChI=1S/C16H8F3N3O2S/c17-16(18,19)14-20-15(22-21-14)25-13(23)12-9-8-11(24-12)7-6-10-4-2-1-3-5-10/h1-5,8-9H,(H,20,21,22)",VNGWUVBXUIDQTK-UHFFFAOYSA-N,IC50,3000,nM
23H,CCC(C)(C)NC(=O)[C@H](N(C(=O)Cn1nnc2ccccc12)c3ccc(NC(C)=O)cc3)c4cccn4C,"InChI=1S/C28H33N7O3/c1-6-28(3,4)30-27(38)26(24-12-9-17-33(24)5)35(21-15-13-20(14-16-21)29-19(2)36)25(37)18-34-23-11-8-7-10-22(23)31-32-34/h7-17,26H,6,18H2,1-5H3,(H,29,36)(H,30,38)/t26-/m1/s1",BCIIGGMNYNWRQK-AREMUKBSSA-N,IC50,6200,nM
CY6,CCOC(=O)/C=C/[C@H](C[C@@H]1CCNC1=O)NC(=O)[C@H](CC=C(C)C)CC(=O)[C@@H](NC(=O)c2cc(C)on2)C(C)C,"InChI=1S/C29H42N4O7/c1-7-39-25(35)11-10-22(15-21-12-13-30-27(21)36)31-28(37)20(9-8-17(2)3)16-24(34)26(18(4)5)32-29(38)23-14-19(6)40-33-23/h8,10-11,14,18,20-22,26H,7,9,12-13,15-16H2,1-6H3,(H,30,36)(H,31,37)(H,32,38)/b11-10+/t20-,21+,22-,26+/m1/s1",CSNQHKJCKPMZCY-YFUAOJPXSA-N,IC50,70000,nM
0EN,CC(C)(C)NC(=O)[C@H](N(C(=O)c1occc1)c2ccc(cc2)C(C)(C)C)c3cccnc3,"InChI=1S/C26H31N3O3/c1-25(2,3)19-11-13-20(14-12-19)29(24(31)21-10-8-16-32-21)22(18-9-7-15-27-17-18)23(30)28-26(4,5)6/h7-17,22H,1-6H3,(H,28,30)/t22-/m1/s1",JXGIYKRRPGCLFV-JOCHJYFZSA-N,IC50,4800,nM
TTT,C[C@@H](NC(=O)c1cc(N)ccc1C)c2cccc3ccccc23,"InChI=1S/C20H20N2O/c1-13-10-11-16(21)12-19(13)20(23)22-14(2)17-9-5-7-15-6-3-4-8-18(15)17/h3-12,14H,21H2,1-2H3,(H,22,23)/t14-/m1/s1",UVERBUNNCOKGNZ-CQSZACIVSA-N,IC50,2640,nM
WR1,C[C@@H](NC(=O)[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)OCc2ccccc2)C(=O)CCO,"InChI=1S/C22H26N2O5/c1-16(20(26)12-13-25)23-21(27)19(14-17-8-4-2-5-9-17)24-22(28)29-15-18-10-6-3-7-11-18/h2-11,16,19,25H,12-15H2,1H3,(H,23,27)(H,24,28)/t16-,19+/m1/s1",UUOOAGBWJUGBMV-APWZRJJASA-N,Ki,2200,nM
S89,OC[C@H](Cc1ccccc1)NC(=O)[C@H](Cc2ccccc2)NC(=O)/C=C/c3ccccc3,"InChI=1S/C27H28N2O3/c30-20-24(18-22-12-6-2-7-13-22)28-27(32)25(19-23-14-8-3-9-15-23)29-26(31)17-16-21-10-4-1-5-11-21/h1-17,24-25,30H,18-20H2,(H,28,32)(H,29,31)/b17-16+/t24-,25-/m0/s1",GEVQDXBVGFGWFA-KQRRRSJSSA-N,Ki,2240,nM
ZU3,CC(C)C[C@H](NC(=O)[C@H](CNC(=O)C(C)(C)C)NC(=O)OCc1ccccc1)C(=O)N[C@H](CCC(C)=O)C[C@@H]2CCNC2=O,"InChI=1S/C32H49N5O7/c1-20(2)16-25(28(40)35-24(13-12-21(3)38)17-23-14-15-33-27(23)39)36-29(41)26(18-34-30(42)32(4,5)6)37-31(43)44-19-22-10-8-7-9-11-22/h7-11,20,23-26H,12-19H2,1-6H3,(H,33,39)(H,34,42)(H,35,40)(H,36,41)(H,37,43)/t23-,24+,25-,26-/m0/s1",IEQRDAZPCPYZAJ-QYOOZWMWSA-N,Ki,38,nM
ZU5,CC(C)C[C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)OCc1ccccc1)[C@@H](C)OC(C)(C)C)C(=O)N[C@H](CCC(=O)C2CC2)C[C@@H]3CCNC3=O,"InChI=1S/C34H52N4O7/c1-21(2)18-27(31(41)36-26(14-15-28(39)24-12-13-24)19-25-16-17-35-30(25)40)37-32(42)29(22(3)45-34(4,5)6)38-33(43)44-20-23-10-8-7-9-11-23/h7-11,21-22,24-27,29H,12-20H2,1-6H3,(H,35,40)(H,36,41)(H,37,42)(H,38,43)/t22-,25+,26-,27+,29+/m1/s1",QIMPWBPEAHOISN-XSLDCGIXSA-N,Ki,99,nM
TLD,Cc1ccc(S)c(S)c1,"InChI=1S/C7H8S2/c1-5-2-3-6(8)7(9)4-5/h2-4,8-9H,1H3",NIAAGQAEVGMHPM-UHFFFAOYSA-N,Ki,1400,nM
PMA,OC(=O)c1cc(C(O)=O)c(cc1C(O)=O)C(O)=O,"InChI=1S/C10H6O8/c11-7(12)3-1-4(8(13)14)6(10(17)18)2-5(3)9(15)16/h1-2H,(H,11,12)(H,13,14)(H,15,16)(H,17,18)",CYIDZMCFTVVTJO-UHFFFAOYSA-N,Ki,700,nM
Considération
Considérons le cas avec et sans Scrapy.
Avantages de l'utilisation de Scrapy
- Comme vous pouvez le voir dans le journal, il reconnaît automatiquement l'accès à la même URL et n'y accède pas inutilement.
- Lorsqu'une erreur se produit, il réessayera automatiquement (la valeur par défaut semble être 3 fois)
- Vous pouvez placer le traitement de veille dans un lot en définissant .py.
- Vous pouvez apporter des ajustements précis au style de grattage, par exemple suivre les règles de Roblots.txt.
- Il fait une bonne sortie de journal.
- La composition de la source est magnifique.
Inconvénients de l'utilisation de Scrapy
- Vous ne pouvez pas faire de contrôle précis tel que l'interruption lorsqu'une erreur se produit (bien que vous puissiez le faire après tout si vous utilisez un pipeline)
- Le coût d'apprentissage est élevé. (Si vous vous en souvenez, vous pouvez en profiter ...) ――Comme vous pouvez le voir dans ce processus de recherche, il y a de plus en plus de cas de demande / réponse avec des données structurées telles que JSON, et dans ce cas, vous n'avez qu'à utiliser JSON, donc il n'y a pas beaucoup de mérite?
Il y a peu d'inconvénients de Scrapy. Très bien, collectons des données écrasantes avec Scrapy à l'avenir.
Enfin cet environnement
Cette fois, il a été réalisé dans l'environnement suivant.
- python3.7
- scrapy 2.3
- requests 2.24
- lxml 4.5.2
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