Introduction à la modélisation statistique pour l'analyse des données Élargissement de la gamme d'applications de GLM

Nous traitons les travaux à terme décalés de régression logistique et de régression de Poisson, et GLM en utilisant la distribution normale et la distribution gamma.

GLM auquel différents types de données peuvent être appliqués

Différents types de données peuvent être représentés par GLM en combinant des distributions de probabilité, des fonctions de liaison et des prédicteurs linéaires.

Partie de la distribution de probabilité qui peut être utilisée pour construire GLM dans Python La génération aléatoire est spécifiée par scipy.stats.X, et la famille glm () est spécifiée par statsmodels.api.families.X.

Distribution de probabilité Génération aléatoire glm()Désignation de la famille Fonctions de lien fréquemment utilisées
(Discret) Distribution binaire binom.rvs() Binomial() logit
Distribution de Poisson poisson.rvs() Poisson() log
Distribution binomiale négative nbinom.rvs() NegativeGaussian() log
(Continu) Distribution gamma gamma.rvs() Ganma() log?
distribution normale norm.rvs() Gaussian() identity

GLM avec distribution binomiale

La distribution binomiale est utilisée lorsque les données de comptage ont une limite supérieure ** (la variable de réponse est $ y \ in \ {0, 1, 2, \ dots, N \} $).

Lorsque le même traitement a été appliqué aux sujets expérimentaux de N individus, la réaction était positive chez $ y $ individus et négative chez $ N-y $ individus.

Cet exemple est

"Pour chaque $ i $ plante fictive, $ y_i $ graines vivantes et germinables et $ N_i-y_i $ graines mortes sur $ N_i $ graines observées."

Supposons qu'un total de 100 plantes a été étudié en utilisant les données d'observation.

À propos des variables de réponse

La valeur possible du nombre de graines survivantes, qui est la variable de réponse, est $ y_i \ in \ {0, 1, 2, 3, \ dots, 8 \} $. $ Y_i = 8 $ si tous sont vivants, et $ y_i = 0 $ si tous sont morts.

Soit $ q_i $ la "probabilité qu'une graine obtenue d'un certain individu $ i $ soit vivante".

À propos des variables explicatives

La probabilité de survie $ q_i $ fluctue en fonction de la taille corporelle $ x_i , qui représente la taille de l'individu. De plus, 50 individus sur 100 ( i \ in \ {1, 2, \ dots, 50 \} ) ne sont pas traités ( f_i = C ), Les 50 individus restants ( i \ in \ {51, 52, \ dots, 100 \} ) sont fécondés ( f_i = T $).

>>> import pandas
>>> import matplotlib.pyplot as plt
>>> d = pandas.read_csv("data4a.csv")
>>> d.describe()
         N           y           x
count  100  100.000000  100.000000
mean     8    5.080000    9.967200
std      0    2.743882    1.088954
min      8    0.000000    7.660000
25%      8    3.000000    9.337500
50%      8    6.000000    9.965000
75%      8    8.000000   10.770000
max      8    8.000000   12.440000
>>> plt.plot(d.x[d.f == 'C'], d.y[d.f == 'C'], 'bo')
>>> plt.plot(d.x[d.f == 'T'], d.y[d.f == 'T'], 'ro')
>>> plt.show()

Screen Shot 2015-06-06 at 00.18.47.png

Comme vous pouvez le voir sur la figure

--Il semble que le nombre de graines survivantes $ y_i $ augmente à mesure que la taille du corps $ x_i $ augmente. --Il semble que l'engrais augmentera le nombre de graines survivantes $ y_i $ ($ f_i = T $)

Distribution binaire

p(y|N, q) = \left( \begin{array}{c}
      N \\
      y 
    \end{array}
    \right) q^y (1-q)^{N-y}
>>> import math
>>> p = lambda y, N, q: (math.factorial(N) / (math.factorial(y) * math.factorial(N-y))) * (q ** y) * ((1-q) ** (N-y))
>>> p1 = [p(i, 8, 0.1) for i in y]
>>> p2 = [p(i, 8, 0.3) for i in y]
>>> p3 = [p(i, 8, 0.8) for i in y]
>>> plt.plot(y, p1, 'b-o')
>>> plt.plot(y, p2, 'r-o')
>>> plt.plot(y, p3, 'g-o')
>>> plt.show()

Screen Shot 2015-06-06 at 10.34.58.png

Fonction de régression logistique et de lien logistique

En régression logistique,

Est utilisé.

À propos de la ** fonction logistique **

q_i = logistic(z_i) = \frac{1}{1+\exp(-z_i)}

La variable $ z_i $ est le prédicteur linéaire $ z_i = \ beta_1 + \ beta_2 x_1 + \ dots $.

>>> logistic = lambda z: 1 / (1 + numpy.exp(-z))
>>> z = numpy.arange(-6, 6, 0.1)
>>> plt.plot(z, logistic(z))
>>> plt.show()

Screen Shot 2015-06-06 at 10.50.15.png

En supposant que la probabilité de survie $ q_i $ est une fonction logistique de $ z_i $, toute valeur du prédicteur linéaire $ z_i $ sera $ 0 \ leq q_i \ leq 1 $.

En supposant que la probabilité de survie $ q_i $ ne dépend que de la taille du corps $ x_i $, le prédicteur linéaire $ z_i = \ beta_1 + \ beta_2 x_i $.

$ Q_i $ et $ x_i $ dépendent de $ \ beta_1 $ et $ \ beta_2 $

>>> plt.subplot(121)
>>> logistic = lambda x: 1 / (1 + numpy.exp(-(0 + 2 * x)))
>>> plt.plot(z, logistic(z), 'b-', label='beta1=0')
>>> logistic = lambda x: 1 / (1 + numpy.exp(-(2 + 2 * x)))
>>> plt.plot(z, logistic(z), 'r-', label='beta1=2')
>>> logistic = lambda x: 1 / (1 + numpy.exp(-(-3 + 2 * x)))
>>> plt.plot(z, logistic(z), 'g-', label='beta1=-3')
>>> plt.legend(loc='middle right')
>>> plt.subplot(122)
>>> logistic = lambda x: 1 / (1 + numpy.exp(-(2 * x)))
>>> plt.plot(z, logistic(z), 'b-', label='beta2=2')
>>> logistic = lambda x: 1 / (1 + numpy.exp(-(4 * x)))
>>> plt.plot(z, logistic(z), 'r-', label='beta2=4')
>>> logistic = lambda x: 1 / (1 + numpy.exp(-(-1 * x)))
>>> plt.plot(z, logistic(z), 'g-', label='beta2=-1')
>>> plt.legend(loc='middle right')
>>> plt.show()

Screen Shot 2015-06-06 at 11.18.09.png

Fonction Logit

Transformez une fonction logistique.

\begin{eqnarray}
q_i &=& \frac{1}{1+\exp(-z_i)} \\
q_i + q_i \exp(-z_i) &=& 1 \\
1 - q_i &=& q_i \exp (-z_i)\\
\frac{1 - q_i}{q_i} &=& \exp (-z_i) \\
\log \frac{1 - q_i}{q_i} &=& -z_i \\
\log \frac{q_i}{1 - q_i} &=& z_i
\end{eqnarray}

Le côté gauche est appelé ** fonction logit **.

logit(q_i) = \log \frac{q_i}{1 - q_i}

Estimation des paramètres

Maximisez la probabilité (logique) sous la probabilité de survie $ q_i $.

\begin{eqnarray}
L(q) &=& \prod_i p(y_i | N_i, q_i) \\
&=& \prod_i \left( \begin{array}{c}
      N_i \\
      y_i 
    \end{array}
    \right)q_i^{y_i}(1-q_i)^{N_i-y_i} \\
L(\{\beta_1, \beta_2, \beta_3\}) &=& \prod_i \left( \begin{array}{c}
      N_i \\
      y_i 
    \end{array}
    \right)q_i^{y_i}(1-q_i)^{N_i-y_i} (\because logit(q_i) = z_i = \beta_1 + \beta_2 x_i + \beta_3 d_i) \\
logL(\{\beta_1, \beta_2, \beta_3\}) &=& \sum_i \log \left\{\left( \begin{array}{c}
      N_i \\
      y_i 
    \end{array}
    \right)q_i^{y_i}(1-q_i)^{N_i-y_i} \right\} \\

logL(\{\beta_1, \beta_2, \beta_3\}) &=& \sum_i \left\{ \log \left( \begin{array}{c}
      N_i \\
      y_i 
    \end{array}
    \right) + \log q_i^{y_i} + \log (1-q_i)^{N_i-y_i} \right\} \\

logL(\{\beta_1, \beta_2, \beta_3\}) &=& \sum_i \left\{ \log \left( \begin{array}{c}
      N_i \\
      y_i 
    \end{array}
    \right) + (y_i)\log q_i + (N_i-y_i)\log (1-q_i) \right\} \\
\end{eqnarray}
>>> import statsmodels.formula.api as smf
>>> import statsmodels.api as sm
>>> import pandas
>>> d = pandas.read_csv("data4a.csv")
# glm(cbind(y, N-y) ~ x + f, data=d, family=binomial)
>>> model = smf.glm('y + I(N-y) ~ x + f', data=d, family=sm.families.Binomial())
>>> fit = model.fit()
>>> fit.summary()
                 Generalized Linear Model Regression Results
==============================================================================
Dep. Variable:      ['y', 'I(N - y)']   No. Observations:                  100
Model:                            GLM   Df Residuals:                       97
Model Family:                Binomial   Df Model:                            2
Link Function:                  logit   Scale:                             1.0
Method:                          IRLS   Log-Likelihood:                -133.11
Date:                Sat, 06 Jun 2015   Deviance:                       123.03
Time:                        12:06:47   Pearson chi2:                     109.
No. Iterations:                     8
==============================================================================
                 coef    std err          z      P>|z|      [95.0% Conf. Int.]
------------------------------------------------------------------------------
Intercept    -19.5361      1.414    -13.818      0.000       -22.307   -16.765
f[T.T]         2.0215      0.231      8.740      0.000         1.568     2.475
x              1.9524      0.139     14.059      0.000         1.680     2.225
==============================================================================

Screen Shot 2015-06-06 at 12.56.03.png

À propos des cotes

Le rapport (probabilité de survie) / (probabilité de non-survie) est appelé ** cote **.

\begin{eqnarray}
\frac{q_i}{1-q_i} &=& \exp(Prédicteur linéaire) \\
&=& \exp(\beta_1 + \beta_2 x_i + \beta_3 f_i) \\
&=& \exp(\beta_1)\exp(\beta_2 x_i)\exp(\beta_3 f_i)
\end{eqnarray}

Se concentrer sur le $ \ {\ beta_2, \ beta_3 \} $ estimé cette fois

\frac{q_i}{1-q_i} \propto \exp(1.95x_i)\exp(2.02f_i)

Et chaque variable explicative a une relation proportionnelle.

L'effet de la taille du corps $ x_i $ est

\begin{eqnarray}
\frac{q_i}{1-q_i} &\propto& \exp(1.95(x_i + 1))\exp(2.02f_i) \\
&\propto& \exp(1.95x_i)\exp(1.95)\exp(2.02f_i)
\end{eqnarray}

On peut le voir à partir de cette approche $ \ exp (1.95) \ 7,03 $ fois. De même, on peut voir que l'effet de l'application d'engrais est $ exp (2,02) \ approche 7,54 $ fois.

À propos du rapport de cotes

L'effet du facteur $ X $ ($ \ beta_x = 1,95 $) est montré.

\begin{eqnarray}
\frac{Cotes X}{非Cotes X} &=& \frac{\exp(X\bullet Partie commune non-X)\times \exp(1.95 \times 1)}{\exp(X\bullet Partie commune non-X)\times \exp(1.95 \times 0)} \\
&=& exp(1.95) \approx 7.03
\end{eqnarray}

Sélection de modèle

Sélection du modèle par AIC Sélection de modèles imbriqués pour la régression logistique

--Modèle constant (section uniquement) --x modèle (taille du corps uniquement) --f modèle (effet de fécondation uniquement)

Il semble que R ait une fonction stepAIC () du paquet MASS. Pour le moment, s'il est identique à la fois précédente, le modèle x + f a l'AIC le plus bas et est un bon modèle.

Terme d'interaction

Considérez l'effet de la multiplication de la taille corporelle et l'effet de l'application d'engrais. En d'autres termes

logit(q_i) = \beta_1 + \beta_2 x_i + \beta_3 f_i + \beta_4 x_i f_i

penser à.

# glm(cbind(y, N-y) ~ x * f, data=d, family=binomial)
>>> model = smf.glm('y + I(N-y) ~ x * f', data=d, family=sm.families.Binomial())
>>> model.fit().summary()
                 Generalized Linear Model Regression Results
==============================================================================
Dep. Variable:      ['y', 'I(N - y)']   No. Observations:                  100
Model:                            GLM   Df Residuals:                       96
Model Family:                Binomial   Df Model:                            3
Link Function:                  logit   Scale:                             1.0
Method:                          IRLS   Log-Likelihood:                -132.81
Date:sol, 06  6 2015   Deviance:                       122.43
Time:                        13:44:31   Pearson chi2:                     13.6
No. Iterations:                     8
==============================================================================
                 coef    std err          z      P>|z|      [95.0% Conf. Int.]
------------------------------------------------------------------------------
Intercept    -18.5233      5.335     -3.472      0.001       -28.979    -8.067
f[T.T]        -0.0638      7.647     -0.008      0.993       -15.052    14.924
x              1.8525      0.525      3.529      0.000         0.824     2.881
x:f[T.T]       0.2163      0.792      0.273      0.785        -1.336     1.769
==============================================================================

Et cette fois, l'AIC a augmenté, donc il n'y a pas eu d'interaction.

Arrêter la modélisation statistique des valeurs de division

L'un des avantages de la régression logistique est qu'il n'est pas nécessaire de créer une valeur de division de $ (données d'observation) / (données d'observation) $. L'endroit de division a tendance à être créé lorsque vous voulez savoir "de quoi dépend la probabilité de survie des graines" dans cet exemple.

Comme un inconvénient

Travail à terme décalé qui ne nécessite pas de valeur de division

Utilisez des données fictives telles que

--Définissez 100 sites d'enquête autour de la forêt ($ i \ in \ {1, 2, \ dots, 100 \} $) --La zone $ A_i $ est différente pour chaque site d'enquête $ i $ --Mesure de la "luminosité" $ x_i $ du site d'enquête $ i $

La densité de population au site d'enquête $ i $, qui a une superficie de $ A_i $, est

\frac{Nombre moyen d'individus\lambda_i}{A_i} =Densité de population

Est. La densité de population est une quantité positive, alors combinez la fonction exponentielle avec la dépendance de luminosité $ x_i $,

\begin{eqnarray}
\lambda_i &=& A_i \multiplié par la densité de population\\
&=& A_i \exp(\beta_1 + \beta_2 x_i) \\
&=& \exp(\beta_1 + \beta_2 x_i + \log A_i)
\end{eqnarray}

Par conséquent, il devient un GLM de distribution de Poisson de fonction de lien logarithmique avec $ z_i = \ beta_1 + \ beta_2 x_i + \ log A_i $ comme prédicteur linéaire.

>>> d = pandas.read_csv("data4b.csv")
>>> model = smf.glm('y ~ x', offset=numpy.log(d.A), data=d, family=sm.families.Poisson())
>>> model.fit().summary()
                 Generalized Linear Model Regression Results
==============================================================================
Dep. Variable:                      y   No. Observations:                  100
Model:                            GLM   Df Residuals:                       98
Model Family:                 Poisson   Df Model:                            1
Link Function:                    log   Scale:                             1.0
Method:                          IRLS   Log-Likelihood:                -323.17
Date:                Sat, 06 Jun 2015   Deviance:                       81.608
Time:                        14:45:24   Pearson chi2:                     81.5
No. Iterations:                     7
==============================================================================
                 coef    std err          z      P>|z|      [95.0% Conf. Int.]
------------------------------------------------------------------------------
Intercept      0.9731      0.045     21.600      0.000         0.885     1.061
x              1.0383      0.078     13.364      0.000         0.886     1.191
==============================================================================

Distribution normale et sa probabilité

Distribution de probabilité pour la gestion des données de valeur continue dans un modèle statistique. Elle est également appelée ** distribution gaussienne **.

Les paramètres sont

--Valeur moyenne $ \ mu $: peut être modifiée librement dans la plage $ \ pm \ infty $.

p(y| \mu, \sigma) = \frac{1}{\sqrt{2\pi\sigma^2}}\exp \left\{ -\frac{(y-\mu)^2}{2\sigma^2} \right\}
# y <- seq(-5, 5, 0.1)
# plot(y, dnorm(y, mean=0, sd=1), type="l")
plt.subplot(131)
plt.plot(y, sct.norm.pdf(y, loc=0, scale=1))
plt.title('$\mu=0, \sigma=1$')
plt.subplot(132)
plt.plot(y, sct.norm.pdf(y, loc=0, scale=3))
plt.title('$\mu=0, \sigma=3$')
plt.subplot(133)
plt.plot(y, sct.norm.pdf(y, loc=2, scale=1))
plt.title('$\mu=2, \sigma=1$')
plt.show()

Dans R, $ \ mu $ est mean et $ \ sigma $ est sd. En python, $ \ mu $ est loc et $ \ sigma $ est scale.

Screen Shot 2015-06-06 at 18.42.33.png

Paramètres ajustés pour chacun. L'axe vertical montre la ** densité de probabilité **. La zone peinte en rouge est représentée par la magnitude de la probabilité de devenir $ 1,2 \ leq y \ leq 1,8 $.

Si la fonction de densité de probabilité de la distribution normale est $ p (y | \ mu, \ sigma) $

$p(1.2 \leq y \leq 1.8| \mu, \sigma) = \int_{1.2}^{1.8}p(y| \mu, \sigma)dy 
#Distribution cumulative
# pnorm(1.8, 0, 1) - pnorm(1.2, 0, 1)
>>> sct.norm.cdf(1.8, 0, 1) - sct.norm.cdf(1.2, 0, 1)
0.079139351108782452

Puisque la probabilité est la zone, elle est approximée comme un rectangle. Dans ce cas, si la hauteur est $ p (y = 1,5 | 0, 1) $ et la largeur est $ \ Delta y = 1,8-1,2 = 0,6 $,

#Densité de probabilité
# dnorm(1.5, 0, 1) * 0.6
>>> sct.norm.pdf(1.5, 0, 1) * 0.6
0.077710557399535043

On voit que l'approximation est faite.

Estimation la plus probable

$ Probability = Basé sur la fonction de densité de probabilité \ times \ Delta y $.

Soit $ {\ bf Y} = \ {y_i \} $ les données de hauteur d'un groupe humain de $ N $ personnes. La probabilité qu'un $ y_i $ soit $ y_i-0,5 \ Delta y \ leq y_i \ leq y_i + 0,5 \ Delta y $ est la fonction de densité de probabilité $ p (y_i | 0, 1) $ et la largeur de l'intervalle $ \ Delta y $. Parce qu'il peut être considéré comme un siège de La fonction de vraisemblance (logique) d'un modèle statistique utilisant une distribution normale est.

\begin{eqnarray}
L(\mu, \sigma) &=& \prod_i p(y_i|\mu, \sigma)\times \Delta y \\
&=& \prod_i \frac{1}{\sqrt{2\pi\sigma^2}}\exp \left\{ -\frac{(y-\mu)^2}{2\sigma^2}\right\}  \Delta y \\
log L(\mu, \sigma) &=& \sum_i \left\{-\log \sqrt{2\pi\sigma^2} + \log \Delta y - \frac{(y-\mu)^2}{2\sigma^2}    \right\} \\
&=& -0.5N\log(2\pi\sigma^2) + N\log \Delta y - \frac{1}{2\sigma^2}\sum_i (y-\mu)^2
\end{eqnarray}

Il devient. Notez que $ \ Delta y $ est une constante et n'affecte pas le paramètre $ \ {\ mu, \ sigma \} $. Ignorez l'équation ci-dessus. Donc,

log L(\mu, \sigma) = -0.5N\log(2\pi\sigma^2)  - \frac{1}{2\sigma^2}\sum_i (y-\mu)^2

Il devient.

GLM avec distribution gamma

** La distribution gamma ** est une distribution de probabilité continue dans laquelle la plage de variables de probabilité est égale ou supérieure à 0. La fonction de densité de probabilité est.

p(y|s, r) = \frac{r^s}{\Gamma(s)}y^{s-1}\exp(-ry) 

$ s $ est le paramètre de forme, $ r $ est le paramètre de taux, $ \ frac {1} {r} $ est appelé le paramètre d'échelle et $ \ Gamma (s) $ est la fonction gamma. La moyenne est $ \ frac {s} {r} $ et la variance est $ \ frac {s} {r ^ 2} $. De plus, lorsque $ s = 1 $, la ** distribution exponentielle ** est obtenue.

# dgamma(y, shape, rate)
# 1/rate = scale
>>> y = numpy.arange(0, 5, 0.05)
>>> plt.subplot(131)
>>> plt.plot(y, sct.gamma.pdf(y, a=1, scale=1))
>>> plt.title('$s=1, scale=1/r=1$')
>>> plt.fill_between(numpy.arange(1.2, 1.8, 0.05), sct.gamma.pdf(numpy.arange(1.2, 1.8, 0.05), a=1, scale=1), color='r')
>>> plt.subplot(132)
>>> plt.plot(y, sct.gamma.pdf(y, a=5, scale=0.2))
>>> plt.title('$s=5, scale=1/r=1/5=0.2$')
>>> plt.fill_between(numpy.arange(1.2, 1.8, 0.05), sct.gamma.pdf(numpy.arange(1.2, 1.8, 0.05), a=5, scale=0.2), color='r')
>>> plt.subplot(133)
>>> plt.plot(y, sct.gamma.pdf(y, a=0.1, scale=10))
>>> plt.title('$s=0.1, scale=1/r=1/0.1=10$')
>>> plt.fill_between(numpy.arange(1.2, 1.8, 0.05), sct.gamma.pdf(numpy.arange(1.2, 1.8, 0.05), a=0.1, scale=10), color='r')
>>> plt.show()

Screen Shot 2015-06-06 at 20.12.07.png

Exemple: Relation entre le poids des feuilles et le poids des fleurs d'une plante fictive

Il semble qu'à mesure que $ x_i $ grandit, il en va de même pour $ y_i $.

\begin{eqnarray}
\mu_i &=& Ax_i^b \\
&=&\exp(a)x_i^b = \exp(a+b\log x_i) (\because A = \exp(a)) \\
\log\mu_i &=& a+blogx_i

\end{eqnarray}
>>> model = smf.glm('y ~ numpy.log(x)', data=d, family=sm.families.Gamma(link=sm.families.links.log))
>>> model.fit().summary()
                 Generalized Linear Model Regression Results
==============================================================================
Dep. Variable:                      y   No. Observations:                   50
Model:                            GLM   Df Residuals:                       48
Model Family:                   Gamma   Df Model:                            1
Link Function:                    log   Scale:                  0.325084605974
Method:                          IRLS   Log-Likelihood:                 58.471
Date:                Sat, 06 Jun 2015   Deviance:                       17.251
Time:                        20:38:39   Pearson chi2:                     15.6
No. Iterations:                    12
================================================================================
                   coef    std err          z      P>|z|      [95.0% Conf. Int.]
--------------------------------------------------------------------------------
Intercept       -1.0403      0.119     -8.759      0.000        -1.273    -0.808
numpy.log(x)     0.6832      0.068      9.992      0.000         0.549     0.817
================================================================================
get_y_mean = lambda b1, b2, x: numpy.exp(b1 + b2 * numpy.log(x))
model = smf.glm('y ~ numpy.log(x)', data=d, family=sm.families.Gamma(link=sm.families.links.log))
vc = model.fit().params

ax = plt.figure().add_subplot(111)
ax.plot(d.x, d.y, 'o')
ax.plot(d.x, get_y_mean(-1, 0.7, d.x),'--')
ax.plot(d.x, get_y_mean(vc[0], vc[1], d.x))


phi = model.fit().scale
m = get_y_mean(vc[0], vc[1], d.x)
scale = [(i * phi) for i in m]
shape = 1 / phi
def plot_pi(q):
    x = numpy.r_[numpy.array(d.x), numpy.array(d.x)[::-1]]
    y = numpy.r_[sct.gamma.ppf(q, a=shape, scale=scale), sct.gamma.ppf(1-q, a=shape, scale=scale)[::-1]]
    pair = [(x[i], y[i]) for i in range(len(x))]
    poly = plt.Polygon(pair, alpha=0.2, edgecolor='none')
    return poly
ax.add_patch(plot_pi(0.05))
ax.add_patch(plot_pi(0.25))

plt.show()

Screen Shot 2015-06-06 at 22.55.20.png

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